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2018年12月15日(土) 00:00 - 2018年12月15日(土) 01:00

Keio コレクション - 全ゲノム配列情報

BW25113株の全ゲノムをSolexaシークエンサー(イルミナ)によって解読しました。
解読したゲノムは、大腸菌W3110のゲノム配列(アクセションナンバー AP009048)と比較しました。
W3110と異なる箇所が40カ所見出されました。そのうち、BW25113では欠失している配列が18カ所、
挿入配列がある場所が4カ所、ミスマッチ変異が18カ所見出されました。挿入配列、ミスマッチ変異の
箇所に関しては、その領域をPCRで増幅し、シークエンスで確認しました。
文責 塩見 大輔(仁木研究室)
  • Differences between BW25113 and W3110
    AP009048 (W3110) 4646332 bp
    *Number shows location in genome of W3110 (AP009048)
(1) regions deleted (18)
Start - End Gene
66,533 - 70,072 araBAD
363,580 - 365,642 lacZ
654,214 - 655,407 IS (insH)
1,105,622 - 1,106,951 IS (insD)
1,301,041 - 1,302,369 IS (insC)
1,980,209 - 1,981,402 IS (insH)
2,176,983 - 2,178,176 IS (insH)
2,320,795 - 2,322,124 IS (insC)
2,411,459 - 2,412,225 IS (insB)
2,526,403 - 2,526,947 valUXY, lysV
3,261,134 - 3,262,328 IS (insH)
3,539,230 - 3,542,690 rhaBAD
3,742,936 - 3,751,785
(3,742,936 - 3,744,263) IS (insDC)
(3,746,911 - 3,748,105) IS
(3,750,591 - 3,751,785) IS (insH)
4,310,363 - 4,311,557 IS (insH)
4,371,274 - 4,371,275 dcuA frameshift
(2) regions inserted (4)
Position Gene
around 370,970 mhpC
547,835 - 547,836 G was inserted ylbE
around 2,564,140 eutB-eutA
around 4,215,890 rrlE
(3)Mismatch (18)
Position Gene Confirmation by PCR and sequencing after the whole genomic sequencing
70,289 T between araB and araC
365,743 ? lacI not yet confirmed because of failure of PCR
502,653 T between ybaL and fsr C-->T, confirmed
547,694 G ylbE A-->G, confirmed
705,435 C nagE T-->C, confirmed
1,093,686 C ycdT T-->C, confirmed
2,034,560 G yedJ A-->G, confirmed
2,842,666 T hycG G-->T, confirmed
2,866,111 G between rpoS and nlpD A-->G, confirmed
3,109,077 A pheV (tRNA Phe) C-->A, confirmed
3,472,558 C btuB G-->C, confirmed
3,475,433 A fabR C-->A, confirmed
3,542,911 A rhaD not yet confirmed because of failure of PCR
4,154,211 G crp T-->G, confirmed
4,479,514 G yjgJ A-->G, confirmed
4,590,160 A hsdR G-->A, confirmed
4,607,189 T yjjP C-->T, confirmed
4,621,349 T yjjI G-->A, confirmed
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