| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,731,420 | IS1 (–) +9 bp | coding (290‑298/993 nt) | xylF → | xylose ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | 36 (1.240) | 34/484 | 0.1 | 89.6% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3731420 = | 4 (0.140) | coding (290/993 nt) | xylF | xylose ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 53 (1.830) | 49/484 | 0.0 | 92.7% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3731428 | 4 (0.140) | coding (298/993 nt) | xylF | xylose ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGG > NC_000913/3583201‑3583670 | ttCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTATACGAGCATTGGTTGGATTAGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTGCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAACTGACTTTTATAGTAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGCACGGATAGTGATCGGGTATTATAGACTTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGAtgctgcaaccgtactgctt > 2:159445/1‑238 (MQ=255) 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ctttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTATTTTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTAGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGCGGTGTGTAACGGCAAACACACCGCCGGACATCAGCGCTTTCTCTGCTCTCAGTGCCGTAACACACGGCATCTGCAGTTCACTTACACACCTTCTAAACCCGGTACGCACCAGaaattc > 2:243840/2‑247 (MQ=14) ttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGACAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTCAAACATGGCAACAGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGGAGGCACCAAAAAATcgtt > 2:123477/1‑248 (MQ=14) aCATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATgg > 1:281614/1‑251 (MQ=32) | TTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAACCTTTTTGCCGTAAATGAATTTTATAGAAATAATGATGATTTCATAAACCCTGATCTACAAGAACGGTTAGTGATCGGGGATTATAGCATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGG > NC_000913/3583201‑3583670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |