Fungi

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生物 / 真核生物 / オピストコンタ / 菌界

クリプト菌門（Rozella*）
アフェリディウム目（Amoeboaphelidium, Aphelidium）
微胞子虫門 (Encephalitozoon, Glugea, Nosema, Trachipleistophora など)
ネオカリマスティックス綱*（Neocallimastix, Caecomyces など）
ツボカビ綱*（Spizellomyces、Rhizophydium、ツボカビ、サヤミドロモドキなど）
サヤミドロモドキ綱* (Hyaloraphidium, Harpochytrium, Monoblepharis etc.)
コウマクノウキン綱*（Blastocladia, Allomyces, Coelomomyces など）
フクロカビ科* (Olpidium)
バシディオボルス目** (Basidiobolus, "Schizangiella", "Drechslerosporium")
ハエカビ亜門**（Entomophthora, Conidiobolus, Neozygites など）
トリモチカビ亜門**（Zoopage, Cochlonema, Rhopalomyces など）
キクセラ亜門**（Kickxella, Coemansia, Harpella, Asellaria など）
ケカビ亜門**（ケカビ、クモノスカビ、アツギケカビなど)
クサレケカビ亜門**（クサレケカビなど）
グロムス門**（Glomus, Paraglomus, Geosiphon, Gigaspora など）
担子菌門（クロボキン、さび菌、キクラゲ、ナメコ、シイタケなど）
子嚢菌門（分裂酵母、出芽酵母、タフリナ、チャワンタケ、アカパンカビなど）

1.　重相菌亜界（二核菌亜界）　Dikarya
*伝統的にツボカビ類として扱われていたもの。　**伝統的に接合菌として扱われていたもの。

References

Hibbett, D. S. et al. (2007) A higher-level phylogenetic classification of the Fungi. Mycol. Res. 111: 509-547.
James, T. Y. et al. (2006) Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny. Nature 443: 818-822.
James, T. Y., Letcher, P. M., Longcore, J. E., Mozley-Standridge, S. E., Porter, D., Powell, M. J., Griffith, G. W. & Vilalys, R. (2006) A molecular phylogeny of the flagellated fungi (Chytridiomycota) and description of a new phylum (Blastocladiomycota). Mycologia 98: 860-871.
Karpov, S. A., Mikhailov, K. V., Mirzaeva, G. S., Mirabdullaev, I. M., Mamkaeva, K. A., Titova, N. N., & Aleoshin, V. V. (2012) Obligately phagotrophic aphelids turned out to branch with the earliest-diverging fungi. Protist 164: 195-205.

いわゆる酵母やカビ、キノコが含まれ、約8万種が知られる大きな生物群。水域から陸域まで広く分布する。ほとんどが吸収栄養性であり（ただし初期分岐群は捕食栄養性）、腐生性のものが多いが、寄生性種や光合成生物と共生しているもの（菌根菌、地衣）も少なくない。醸造やパン、発酵食品 (味噌、チーズなど)、食用 (シイタケ、トリュフなど)、有用物質 (抗生物質、ビタミン、酵素、糖類など) の生成などヒトの生活に極めて深く関わっている。また特に陸上生態系においては分解者として極めて重要な働きを果たしている。

体制は単細胞性（酵母など）または菌糸を形成する。菌糸はふつう単列糸状で分枝するが、隔壁を欠く多核性の菌糸をもつものもある。菌糸は先端成長を行う。担子菌や子嚢菌では菌糸が集合して巨視的な体 (キノコなど) を形成する種もある。細胞壁はふつうキチンとβ-1,3-1,6-グルカンを含む。ミトコンドリアのクリステは板状だが、ときに酸素呼吸能を欠き極めて退化的なことがある (微胞子虫、ネオカリマスティックス門)。いわゆるツボカビ類（広義）以外は鞭毛や中心体を欠く。リジン生合成はα-アミノアジピン酸 (AAA) 経路。分裂や出芽、遊走子・胞子形成によって無性生殖を行う。いわゆるツボカビ類（広義）では鞭毛をもった配偶子が形成され、同型配偶子接合から卵生殖 (ツボカビ門サヤミドロモドキ綱) を行うことがある。その他の菌類では細胞や菌糸が接合し、核合体、減数分裂を経て有性胞子 (接合胞子、子嚢胞子、担子胞子) を形成する。担子菌や子嚢菌では細胞・菌糸接合後の核合体に到らない２核時代が長いことがある (そのため二核菌とよばれる)。またカワリミズカビ属 (コウマクノウキン門) では単相の配偶体と複相の胞子体の間で典型的な世代交代を行う。

以前菌類に分類されていた粘菌や卵菌などは狭義の菌類とは全く系統的に異なる。また狭義の菌類は伝統的にツボカビ類、接合菌、担子菌、子嚢菌に分けられていたが、現在では前二者は非単系統群であることが示唆されている。微胞子虫類は伝統的に原生動物 (胞子虫) に分類されていたが、近年の研究から菌類に属することが示唆されている。