単鞭毛性の遊走子を形成する菌類。多くは淡水または土壌に生育しているが、海産種もごく少数知られる。腐生性または寄生性。寄生性のものでは藻類、陸上植物、多細胞動物、菌類などを宿主とする。両生類に寄生するカエルツボカビ (Batrachochytrium dendrobatidis) （フタナシツボカビ目）は唯一の脊椎動物寄生性ツボカビであり、近年世界中で頻発する両生類大量死の原因ではないかと考えられている。またサビツボカビ（Synchytrium endobioticum）（所属不明）はジャガイモ癌腫病を引き起こし、経済的に大きな被害を与える。

菌体は単心性または多心性、菌糸が発達する種はいない。単鞭毛性の遊走子による無性生殖を行う。遊走子は鞭毛をもたない基底小体を有する。有性生殖は同型または異型配偶子接合。