| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,590,854 | Δ7,233 bp | [hipA]–hipB | [hipA], hipB | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1590854 | 1598086 | 7233 | 43 [0] | [0] 43 | [hipA]–hipB | [hipA],hipB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1590853 | 0 (0.000) | 43 (0.660) | 42/478 | 0.2 | 100% | intergenic (‑852/+1) | ydeT/hipA | fimbrial usher domain‑containing protein YdeT/serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| ? | NC_000913 | 1598087 = | 0 (0.000) | intergenic (‑5645/+530) | hipB/lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase | |||||
CAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCTCACTTACTACCGTATTCTCGGCTTAACCGTCCATGCAACCTCAACACATTGCTTTCAACTGCCGTCACCACGTTCTCCGGAAAATCTGTCGGTAATGAAGTCTTCACGTTATCCAGTGCTGCTGGAATCATTCTGGCAAAGTCACTCAGGATTTCATGCATCTGCACTTCCGGGAATCTCAGCACCTTTGCTGTCGCCAAAAAATGTCGCGGATAAATTTTATCGATTGCCGTTTTTTTGCCTTT > NC_000913/1590605‑1591099 | cagacaCTGCGCTCTTGGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCat < 2:450244‑M1/251‑3 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCataaacgctccatatacaaacaatacagccacgaaagagatgagtcgtcagacattaaaaatgaaacttattaaattgtcagaggtctgtattgagtgttagttggaggtgggaaggtgtca > 1:322616‑M1/1‑128 (MQ=255) cACTTCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCataaacgctccatatacaaacaatacagccacgaaagagatgagtcgtcagacattaaaaatgaaacttattaaattgtcagaggtctgtattgagtgttagttggaggtgggaaggtgtcaatt < 2:332545‑M1/251‑126 (MQ=255) ttCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCataaacgctccatatacaaacaatacagccacgaaagagatgagtcgtcagacattaaaaatgaaacttattaaattgtcagaggtctgtattgagtgttagttggaggtgggaaggtgtcaatttgg > 2:181203‑M1/1‑123 (MQ=255) 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1:126756‑M1/200‑193 (MQ=255) atatCataaacgctccatatacaaacaatacagccacgaaagagatgagtcgtcagacattaaaaatgaaacttattaaattggcagaggtctgtattgagtgttagttggaggtgggaaggtgtcaatttggctaattggctaatgctttcgaattgatagattaaaaattgcatagttcttattttatttaaatatgaactatgagttattgttgcttaataagaaaactgtttctttcaataggaaaa < 2:195356‑M1/251‑247 (MQ=255) | CAGACACTGCGCTCTTAGCATGGGGCAGGGAATAACCAGGCTATTTCTCCATGCACAGGCCAATTATGAAAGAGGAGAGGCTTAAGTTCTTGAACCCTGAACGAATAACGACTACCAGAAAAGCACTTCGCATCACTCAGACATGATTTAACATAATATACATTATGCGCACCAATATAAACCAAGGAAGAATCCAGTCGTTGGCGGTCATGATTGTCATGCTCATTAACAATGACCAAACCCCATATCTCACTTACTACCGTATTCTCGGCTTAACCGTCCATGCAACCTCAACACATTGCTTTCAACTGCCGTCACCACGTTCTCCGGAAAATCTGTCGGTAATGAAGTCTTCACGTTATCCAGTGCTGCTGGAATCATTCTGGCAAAGTCACTCAGGATTTCATGCATCTGCACTTCCGGGAATCTCAGCACCTTTGCTGTCGCCAAAAAATGTCGCGGATAAATTTTATCGATTGCCGTTTTTTTGCCTTT > NC_000913/1590605‑1591099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |