| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 381260 = | NA (NA) | 21 (0.580) | 21/488 | 0.7 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 481030 = | 0 (0.000) | intergenic (‑322/+224) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/multidrug efflux pump RND permease AcrB | |||||
AGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/381493‑381260‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGG > NC_000913/481030‑481275 agatgtaatttgtcGGCTGCTTCACCCAGTTGACGGGCAACGAAGGAGACCGTCAGCCCCGGTTCAAAGC‑ATGTCTGAACAATTGCGATCATTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCTCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATGTAAGTGATATTGGTTGTCTTGAGATTCAGGGGGCCAGCCTATACCGCAAATAATTAAG < 2:121674/237‑1AGAAATAACTGGCTGGATGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGAGAGACCGGCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAGCAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTGCTACAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGCGATTCAGGGGGCAAGTCTATACCGCAATGAATTAA > 2:369357/1‑250 TAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAAT > 1:363809/1‑249 ACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTTCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGC‑AGGCTTAACCGCAAATAATTAAGAATAGgcc > 1:313563/1‑248 GGCTGCTACACTATGTTGCCGGGCAACGTGGGAGACCGTCCTCCCCTGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCTAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAAT < 2:110017/251‑1 ACACCATGTTGCCGGGCAACAAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATG > 1:267501/1‑251 GTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATT > 1:72505/1‑251 CAACGAGGGAGACCGGCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTGCCTGTGTGGTACGCTGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATT < 1:229738/251‑1 aCCCGGATCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCTTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTAGTAAGACTATCACTTATTTAAGTTATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTAGTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAA < 2:69893/249‑1 CTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATC > 1:140025/1‑250 gcttAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTTGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCTCTTATTTAAGTGATATTGTTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTA < 1:317428/246‑1 TGAACATTTGCTATCTTTACCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGGCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTGCTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATT < 2:172314/250‑1 GCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTT < 1:375740/222‑1 GCCGTCTGCGTTTCTCCGACCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGATATTCAGGGGACCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTCACACTACTTAATATAACTTAACTAACAATCAGTTTTTTT > 2:375740/1‑222 CTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCG > 1:137040/1‑251 GGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTG > 1:222591/1‑251 CCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGT > 1:359099/1‑251 TATTGTTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGTATTATTCAATCTATTAGCGATACTTAATATAATTTAACTAACAATAAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGTGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTCATGTTCGTAGGATAGGAGTAAAAAAAGCTGCTTACGCGGCCTTAGTGATTAC > 2:62757/1‑250 GGCCAGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAAGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGAC > 2:318558/1‑249 AGTCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATTGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATG < 1:412269/251‑1 TCTATACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATTGATTATTAAATTTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGG < 2:313563/250‑1 AGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTG‑CTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/381493‑381260‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGG > NC_000913/481030‑481275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |