| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,431,062 | IS2 (–) +5 bp | coding (2014‑2018/3363 nt) | stfR → | putative prophage side tail fiber protein StfR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1431062 = | 0 (0.000) | 22 (1.250) | 20/292 | 0.0 | 100% | coding (2014/3363 nt) | stfR | putative prophage side tail fiber protein StfR |
| ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1431066 | 0 (0.000) | 20 (1.140) | 17/292 | 0.1 | 100% | coding (2018/3363 nt) | stfR | putative prophage side tail fiber protein StfR |
| ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region | |||||
GACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACC > NC_000913/1430833‑1431283 | gACTGCCAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGCCCTATAAGTTTGGGGGAAAAAATCCGGCtggatttgcccctatat > 1:340789‑M1/1‑234 (MQ=255) accatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGAtt < 1:372174‑M1/40‑1 (MQ=255) ggagaccgtcatccccggttcaaagctcttctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtataaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagagtcagggggccattctaCCGGCGACTGAATGTATCGCGTCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGgttttn > 1:47525‑M1/191‑250 (MQ=255) ggagaccgtcatccccggttcaaagctctactgaacaattgggatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATtttaagagtgggggataggaa < 1:1656‑M1/60‑10 (MQ=255) 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gggCAACAAATCCGGCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagctattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataa > 1:173412‑M1/1‑16 (MQ=255) agtctaCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCGTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAAGCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGTGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTAcc > 1:159616‑M1/7‑228 (MQ=255) gtctaCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTTGGCTGGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTGAATCGTTAACGATAACTTGTTGTGCAATAACCGTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATa > 1:196792‑M1/6‑167 (MQ=255) | GACTGACAGGGGGCGTTATGCTTATGGCATGTTCTGGCAATATCAAAACAATGAACGAGCCATTCACTCAATAATGATGAGTAATAAGGGCGATGATTTGCGCTCTGTGTTCTATGTTGATGGCGCTGCTTTCCCTGTTTTTGCGTTTATTGAAGATGGCCTGTCAATATCCGCACCTGGTGCTGATCTCGTTGTTAATGATACGACCTATAAGTTTGGGGCAACAAATCCGGCGACTGAATGTATCGCGGCGGACGTTATCCTTGATTTTAAGAGTGGGCGTGGTTTTTATGAGTCTCATTCGTTAATCGTTAACGATAACTTGTCGTGCAAAAAACTTTTTGCCACAGACGAAATTGTAGCGCGTGGTGGTAATCAGATTCGAATGATAGGTGGGGAGTATGGTGCATTATGGCGTAATGATGGCGCTAAAACTTACCTGCTGCTTACC > NC_000913/1430833‑1431283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |