| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780918 | 77 (0.790) | 5 (0.070) | 3/436 | 7.3 | 9.4% | noncoding (76/76 nt) | lysW | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781445 = | 39 (0.540) | intergenic (+1/‑132) | lysZ/lysQ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCT > NC_000913/780635‑781209 | tAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGTATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGTCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAATTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTGACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAg < 2:143642/299‑1 (MQ=255) ggTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACccaccaattcta > 1:489012/1‑281 (MQ=255) ggtatgaaaactggagggATAACGTTGCGTGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGATTAAGTCGAGTCATCCTGCACGACTCAACACGAACATAGTTGGGTGTGGTATATAGAGTAGTATTGGGTGATTAGCTCGGCTGTTAGAGCACCTCCCTTACAGTGATGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACTCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAg < 1:687703/283‑1 (MQ=17) ggTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAg < 1:310401/299‑1 (MQ=255) 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1:149137/229‑1 (MQ=255) acccaccACCTGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc < 1:625895/175‑1 (MQ=255) acccaccACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGANAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCANCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc > 2:625895/1‑175 (MQ=255) acccaccACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTTAACATCGAAGANAGACGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCANCAACGGCCCGTAGGgcgag‑ccaaa > 2:625903/1‑156 (MQ=255) acccaccACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGT‑TTCAACAt > 2:84542/1‑96 (MQ=25) acccaccACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAt‑ttcaaagt > 2:801874/1‑90 (MQ=11) acccaccACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAt‑ttaaagg < 2:567167/95‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |