| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 62,379 | Δ25,896 bp | [rapA]–[cra] | 25 genes [rapA], polB, araD, araA, araB, araC, yabI, thiQ, thiP, thiB, sroA, sgrR, sgrS, sgrT, setA, leuD, leuC, leuB, leuA, leuL, leuO, yabR, ilvI, ilvH, [cra] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 62379 | 88274 | 25896 | 84 [0] | [0] 84 | [rapA]–[cra] | [rapA],polB,araD,araA,araB,araC,yabI,thiQ,thiP,thiB,sroA,sgrR,sgrS,sgrT,setA,leuD,leuC,leuB,leuA,leuL,leuO,yabR,ilvI,ilvH,[cra] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 62378 | 0 (0.000) | 84 (0.750) | 58/588 | 0.5 | 100% | coding (887/2907 nt) | rapA | RNA polymerase‑binding ATPase and RNAP recycling factor |
| ? | NC_000913 | 88275 = | 0 (0.000) | coding (248/1005 nt) | cra | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra | |||||
CTGCAACAGCGGCTCGATATCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATATTCACGGCTTGGCGCATCTTCGCTCCACACCAGGTGATGCGCTTCATCGACCACCAGCAGGTCCCATTCGGCTTCACAGAGATGTTCCAGGCGCTGTTTGCTACGACGGGCAAAATCCAGCGAGCAAATCACCAGCTGTTCGGTGTCAAACGGGTTGTAAGCATCGTGCTGAGCTTCGGCATAACGCTCATCATCAAATAGCGCAAAGCGCAGGTTGAAACGGCGCAGCATTTCTACCAGCCACTGATGCTGTAAGGTTTCCGGGACGATAATTAGCACACGTT > NC_000913/62104‑62663 | ctgcAACAGCGGCTCGATATCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaac > 1:361542‑M1/1‑275 (MQ=255) gCGGCTCGATATCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaac < 2:574554‑M1/300‑34 (MQ=255) gCTCGATATCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgc > 1:346836‑M1/1‑264 (MQ=255) cGATATCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCCACGCACTGCGCACAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCACGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcacaggggttatcaactgctga > 2:344240‑M1/1‑261 (MQ=255) cGATATCCTGCTCGCCGATCATCTAGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctga > 1:524128‑M1/1‑261 (MQ=255) atCCTGCTCGCCGATCATCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgc > 1:710476‑M1/1‑257 (MQ=255) gATCACCTCGCCGAGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGTAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaag < 2:128207‑M1/299‑55 (MQ=255) 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aGCATGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaac > 1:105901‑M1/1‑232 (MQ=255) aTGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacga < 1:786831‑M1/299‑71 (MQ=255) tGTTCAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATNGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACNGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaa > 2:661159‑M1/1‑228 (MQ=255) cAGTTCGTCATTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgc > 1:662876‑M1/1‑224 (MQ=255) aTTGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattg < 1:824032‑M1/299‑85 (MQ=255) tGCTCAGTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagc < 1:652839‑M1/300‑88 (MQ=255) gTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCCGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttt > 2:371773‑M1/1‑207 (MQ=255) gTTTGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttt > 1:35826‑M1/1‑207 (MQ=255) tGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGTTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttac < 2:476517‑M1/300‑97 (MQ=255) tGTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttac < 1:482222‑M1/300‑97 (MQ=255) gTTACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCTTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttaca > 1:526960‑M1/1‑203 (MQ=255) ttACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGTGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttacag < 2:574741‑M1/300‑99 (MQ=255) ttACCTGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttacag < 2:524128‑M1/300‑99 (MQ=255) tGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGNCGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCNGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttacagcgtca > 2:664945‑M1/1‑197 (MQ=255) tGCCAGCAGCATGGCAACGGCGTCCGCAACCGGACGATAATTTTTCTGCTCTTCAACGAACTGCGCAAAATCGTGGAAACGGTTCGGGTCCAGCAGACGCAGACGGGCGAAGTGGCTTTCCATCCCCAGCTGTTCCGGGGTCGCGGTCAGCAGCAGAACGCCCGGCACGTGCTCTGCCAGTTGTTCAATGGCCTGATttgaacgccaggcgcggcaacggggttatcaactgctgattgcctgctcagaagatcagccagacaacgaaatgcggtgcattgagcaccttttacagcgtca > 2:802464‑M1/1‑197 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |