| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_012971 | = 4487090 | 0 (0.000) | 138 (1.470) | 70/574 | 0.1 | 100% | pseudogene (14/726 nt) | ECD_RS22230 | restriction endonuclease subunit S |
| ? | NC_012971 | 4487867 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/+69) | ECD_RS22235/ECD_RS22240 | IS1‑like element IS1A family transposase/restriction endonuclease subunit S | |||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
GTTGAGGCCAACGCCCATAATGCGGGCAGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGACGTATTT > NC_012971/4487570‑4488165 | attcaggagatattctggcaacggcacgagcgatattaacatttatatcttctctaacaatacctattctaactatagcccaaacaattgttacaagaatgtcattctttcgtactttggaacgcttatattgtaaatctatttcctttgaaattttacgaagatgatttaactctacttcaccatcgttaatatcacaaacacgaattaattctataccgtcttttatatcatctacaggttgcaccaaaccataacataatggtctttgtgtattgataatgttattcaaaattgttt > 2:100373‑M2/298‑300 (MQ=255) 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ttattcaaaattgTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCNAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAAcc < 2:594933‑M2/287‑1 (MQ=255) tattcaaaattgTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCg < 1:293017‑M2/288‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGa < 1:560481/299‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGAc < 1:600620/300‑1 (MQ=255) aaaaTTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTANCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGAc < 1:571340/300‑1 (MQ=255) tGTTTCACTCCAGTCTTCTTGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGTAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGACGTAtt < 2:421312/300‑1 (MQ=255) | GTTGAGGCCAACGCCCATAATGCGGGCAGTTGCCCGGCATCCAACGCCATTCATGGCCATATCAATGATTTTCTGGTGCGTACCGGGTTGAGAAGCGGTGTAAGTGAACTGCAGTTGCCATGTTTTACGGCAGTGAGAGCAGAGATAGCGCTGATGTCCGGCGGTGCTTTTGCCGTTACGCACCACCCCGTCAGTAGCTGAACAGGAGGGACAGCTGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCAAAATTGTTTCACTCCAGTCTTCTGGAATAAGGATTTTGTAGTTATCTAATTCA‑ACTTTTTTTGTTATAAAATCTTTATCTTCTTTGGTCAACCTACCAGTTACTGCCGCAGCCAACACCGCCTGACGAAAACGTTTCAGGATTTGTGGGATTTGCTCAAGGCGTGCTTTGGTGCTGTCTACCTGCGCCAGCAGCGTATCGAGTTTTTCAGCGATGATTTTTTGCTCGGCAAGTGGTGGCAACGGAAGTAGGGTATCTTGAAGTGTCCTGGAAGAAAGATGCTTTACAGTAACCGAGGACGTATTT > NC_012971/4487570‑4488165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |