| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,466,385 | Δ10,215 bp | intS–torI | 16 genes intS, yfdG, yfdH, yfdI, yodE, yfdK, yfdM, yfdN, yfdO, yfdP, yfdQ, yfdR, yfdS, yfdT, ypdJ, torI |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2466385 | 2476599 | 10215 | 99 [0] | [13] 112 | intS–torI | intS,yfdG,yfdH,yfdI,yodE,yfdK,yfdM,yfdN,yfdO,yfdP,yfdQ,yfdR,yfdS,yfdT,ypdJ,torI |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2466384 | 0 (0.000) | 99 (1.130) | 65/558 | 0.1 | 100% | intergenic (+1/‑161) | argW/intS | tRNA‑Arg/prophage CPS‑53 integrase |
| ? | NC_000913 | 2476600 = | 0 (0.000) | intergenic (+90/+94) | torI/dsdC | prophage CPS‑53 recombination directionality factor and response regulator inhibitor/DNA‑binding transcriptional dual regulator DsdC | |||||
GGAACATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2466088‑2466384‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgcagg‑ggacaccatCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACATAAAAACCGTAAATTAAATTCGAACTAGCAGGCCGAATAAGGCACACCAGGAACTCGTGGTTTTATTCATTATGAAGTGGTTTTTACCTGTTCTCTTAGCCAGATAATAAACGCTTCAATTTTTGGCCACTGCCTGCCCGGTAATGTGGTGATGTAATAATGCTGATGGCATTTCACCGTCATATCGCCAAACGGCGCGACGAGCTCACCACTGGCAAGCCTTTTTTGTACCAGGCGTTTTCTTCCCATCGCCACC > NC_000913/2476600‑2476880 GGAACATCTGCTGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACNCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCT < 2:555384/300‑1 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TGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTT < 1:111838/299‑1 TTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTTATCCCTAAAAC < 2:346662/298‑1 GTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACATAAAAACC > 1:718451/1‑299 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TAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTGCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACATAAAAACCGTAAATTAAATTCGAACTAGCAGGCCGAATAAGGCACACC < 1:97723/300‑1 AAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCAGAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTGCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACATAAAAACCGTAAATTAAATTCGAACTAGCAGGCCGAATAAGGCACACC < 1:97714/299‑1 GCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCANCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATANTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCATCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACCTAAAAACAGTAAATTAAATTCGAACTAGCAGGCCGAATAAGGCACACCA > 2:543676/1‑298 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GGAACATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGG‑GGACACCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2466088‑2466384‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctgcagg‑ggacaccatCCTTGTGTTTATCCCTAAAACCACATAAAAACCGTAAATTAAATTCGAACTAGCAGGCCGAATAAGGCACACCAGGAACTCGTGGTTTTATTCATTATGAAGTGGTTTTTACCTGTTCTCTTAGCCAGATAATAAACGCTTCAATTTTTGGCCACTGCCTGCCCGGTAATGTGGTGATGTAATAATGCTGATGGCATTTCACCGTCATATCGCCAAACGGCGCGACGAGCTCACCACTGGCAAGCCTTTTTTGTACCAGGCGTTTTCTTCCCATCGCCACC > NC_000913/2476600‑2476880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |