| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653419 | 54 (0.770) | 4 (0.060) | 3/540 | 4.8 | 6.9% | noncoding (37/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653746 = | 59 (0.920) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGT > NC_000913/2653453‑2654042 | aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 1:205376/299‑1 (MQ=255)aGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATACTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTAc < 1:205529/299‑1 (MQ=255) gCAAAACAATACTCATCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAATAGAGTAATTATTTTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGACGTGTGCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAAGATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGGAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCg < 1:479532/300‑1 (MQ=255) cAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATNGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGTTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTAtt < 1:108921/295‑1 (MQ=255) cAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATNGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTAtt < 1:108934/295‑1 (MQ=255) aaaCAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAACATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACACATATAAATAAATCCTGCTCAAAGTTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCACAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTACAGCAGGTTGTATTACCgta > 2:209397/1‑299 (MQ=255) aaaCAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGACTTCAGAGAAATATAAATAAATCCTGCTCCAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAAACGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCTGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCgta > 2:379051/1‑299 (MQ=255) aaaCAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCCGGTTGTCTTCCCgta > 1:69830/1‑299 (MQ=255) tACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCTGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCTTAGTAATGc < 2:198453/300‑1 (MQ=255) tcatcAGTAACTCTCTTTTTGTCAATCAAAAGAGAGGAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATAGTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCaa < 2:106546/295‑1 (MQ=255) cACCAGTAACTCTCTTNTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGNCTTTCCAGCAGGTTGTATNACCGTAGTAATGCAAgc > 1:472825/1‑300 (MQ=255) atcAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATAGAAAGAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTGAAACATGTAGATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 2:484407/298‑1 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGTCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:273131/300‑1 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:84784/300‑1 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTGAGTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAGATAAATCCTGCTCAAAAGTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAGAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:272953/300‑1 (MQ=255) tctctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGc < 2:456690/300‑1 (MQ=255) tctTTCTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATACTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCgg < 1:132194/300‑1 (MQ=255) ctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGga > 1:329411/1‑300 (MQ=255) aaGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACt > 1:29060/1‑300 (MQ=255) 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tCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATAGAAATAAATCCTGCTCAAAATGAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAg < 1:204737/300‑1 (MQ=255) gtTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGtattat < 2:541615/300‑1 (MQ=255) gtTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATGAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGtattat < 2:542162/300‑1 (MQ=255) gTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAGTTAAAAGTTCCAACCGATAAAAGATATTACTTAAATATGTAAATTCACGTTCATTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCAAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCCAGCGCGTATAAGCGGCGACCATATTCGCAAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGGGTTCTTCTTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACt > 2:288853/1‑300 (MQ=255) gTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACt > 1:94795/1‑300 (MQ=255) gTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACt > 2:55600/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |