| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3186096 = | NA (NA) | 78 (0.730) | 55/598 | 0.7 | 53.8% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3654624 = | 67 (0.630) | intergenic (+97/‑59) | slp/dctR | starvation lipoprotein/putative DNA‑binding transcriptional regulator DctR | |||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AACCTGGCTTTATCAATAAAGTCCCGTATAACTTCCTGGAAGTGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTG > NC_000913/3654325‑3654921 | gaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTg < 2:263914‑M2/4‑1 (MQ=255) cagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcgcttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATtata > 2:33702‑M2/270‑300 (MQ=255) cagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttattcaagtgatattggtcgtctggagattcagggggccagtctaACTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATtata > 2:226749‑M2/270‑300 (MQ=255) gTGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCAACTATAAACTGTGGGATTAAGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCGGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCANCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCACACTGATTATAACGTTAATGTc > 2:206902/1‑300 (MQ=255) tGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAATTGTTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcact > 1:671224‑M2/1‑262 (MQ=255) atGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 1:684422‑M2/1‑257 (MQ=255) gtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgcagggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcggtcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgcttctacggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAg > 2:409404‑M2/251‑300 (MQ=255) gggCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATNATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatta < 1:585325‑M2/300‑49 (MQ=255) gggCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAg > 1:564527/1‑300 (MQ=255) ggCATCCAGGTGGGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTTGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGTGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattac > 2:436277‑M2/1‑251 (MQ=255) 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gtgtGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAAATATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTACGCACCAGGAGTCGGTTATGt > 2:453744/1‑300 (MQ=255) cagagaaataactggctggctgctacaccattttgccgggcaacgaggtagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGt < 1:641456‑M2/63‑1 (MQ=255) gaAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattccc < 1:284728‑M2/300‑74 (MQ=255) ctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTCATAATTACCAGGGa > 2:310828‑M2/219‑300 (MQ=255) caccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGAt < 1:652570‑M2/88‑1 (MQ=255) accatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactngtattaagactatcacttatttaagtnatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATg < 2:566666‑M2/89‑1 (MQ=255) 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gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCCCTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTACCCCTTTAATATTAAACgttg > 2:380686/1‑297 (MQ=255) gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTg > 2:807724/1‑300 (MQ=255) gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTg > 1:130053/1‑300 (MQ=255) | AACCTGGCTTTATCAATAAAGTCCCGTATAACTTCCTGGAAGTGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTG > NC_000913/3654325‑3654921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |