| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,174,817 | IS1 (+) +9 bp | coding (225‑233/453 nt) | gatA ← | galactitol‑specific PTS enzyme IIA component |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1978503 = | NA (NA) | 22 (1.140) | 18/278 | 0.1 | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2174817 = | 0 (0.000) | coding (233/453 nt) | gatA | galactitol‑specific PTS enzyme IIA component | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | 35 (1.810) | 26/278 | 0.0 | 100% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2174825 | 0 (0.000) | coding (225/453 nt) | gatA | galactitol‑specific PTS enzyme IIA component | |||||
ACAGAGGGATTTATTCGTCTGAATCTAAAACATACTTTGTGAAGTATTCCTTTAACTGGGTTTCAGGAAGAGTGATTAGTGTCTCGACGATATCGGGCTGTTGTAACTTGCCAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAATTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGC > NC_000913/2174587‑2175072 | aCAGAGGGATTTATTCGTCTGAATCTAAAACATACTTTGTGAAGTATTCCTTTAACTGGGTTTCAGGAAGAGTGATTGGTGTCTCGACGATATCGGGCTGTTGTAACTTGCCAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAATTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACTCAAAAACCAACGATACCGCCACGTCGTTAGCAGCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgc > 1:276098‑M2/1‑239 (MQ=255) cggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgaagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACtt > 1:112816‑M2/222‑250 (MQ=255) aTACTTTGTGAAGTATTCCTTTAGCTGGGTTTCAGGAAGAGTGATTAGTGTCTCGACGATAGCGGGTTGTTATAACTTGCCAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAAGTGCTGCTGCGGAGTTTCCACAATCAACGCAAGAACCAACGATACCGCTACGTCGTGATCATCATCCGCTTGCTGAAAATTAACTTTATTTGGTGGTCTTAACggttaggctgccagcttactgatttagtgtatgatggtgtttn > 1:56654‑M2/1‑208 (MQ=255) tACTTTGTGAAGTATTCCTTTAACTGGGTTTCAGGAAGAATGATTAGTGTCTCGAGGCTCTCGGGCTCTTGTACCTTGCCAGATAAACAGCGACACAGTTTCAATTGCTGCTGAGGATTTTACACAAACAACGCAATAACCAACGCTACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGCCAATGAACTTTATTTGTTGGACTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:280246‑M2/251‑45 (MQ=255) 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1:422776‑M2/1‑166 (MQ=255) canattnanngnnatancctgaatctgaggcagcaccgnncactgctggnacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgngcactatctnnacntaaaanannntnnntangtgtgagtcattaccTTCCNTANNAGATAANTGGCTGACGACTTAGCATGAATCGcc < 2:112816‑M2/42‑1 (MQ=255) gcataacctgaagctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGa < 1:278837‑M2/94‑1 (MQ=255) gttgtAACTTGCCAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAAGTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgt < 1:262619‑M2/251‑112 (MQ=255) ccAAATAAACAGCGTAAAAGTTTCAATTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctc < 1:386439‑M2/213‑85 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaatatcggtggagctgcatgacaaagtcacagggcattctctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGGACTTCACAGCTAAATGGCTgac > 1:291960‑M2/118‑141 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgaatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTCGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATa > 1:248050‑M2/117‑179 (MQ=255) aaCAGCGTAAAAGTTTCAATTGCTGCTGCGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtg < 1:166746‑M2/126‑5 (MQ=255) 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1:87654‑M2/91‑251 (MQ=255) nctgcgGATTTTCCACAATCAACGCACTAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctc < 1:406653‑M2/250‑154 (MQ=255) gttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGGCCTTAACAGATAAATGGCTGACGACTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCGCAAGCATTATCCCGGTAGTGAATTCTGCTTCTCTTGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATtan < 1:100876‑M2/166‑2 (MQ=255) cGGATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCCTCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:259336‑M2/145‑52 (MQ=255) ggATTTTCCACAATCAACGCAATAACCAACGATACCGCCACGTCGTTATCATCATCCGCTTGCTGAAAATGAACTTTATTTGTTGGCCTTAACggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg > 1:222586‑M2/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |