| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 40 [0] | [0] 37 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 37 (0.670) | 35/490 | 0.2 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
CCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCA > NC_000913/4361174‑4361633 | acctgtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcAt < 1:166092‑M2/2‑1 (MQ=255) gtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATAcc < 1:212986‑M2/5‑1 (MQ=255) gtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATAc > 1:72787‑M2/246‑249 (MQ=255) gtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgtggcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATAc < 2:72787‑M2/4‑1 (MQ=255) tgatgcgtgtgctgtttacgctaatttctgccaagggtatccgtagttggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcaaggcacggggattggtctaggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgctggtctgcccgttgcgctgggagatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACaggaaaaaaaccc > 2:201382‑M2/224‑248 (MQ=255) atgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCAt > 2:316497‑M2/222‑251 (MQ=255) acggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTg > 1:71638‑M2/207‑251 (MQ=255) ggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCCAAAGGTAGTGa > 2:122880‑M2/205‑250 (MQ=255) tctgccgagggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacgggggttggtatcggtctgttcatgctgctcattgccgcgtacggtgtcgggctggtgattaaaaacccgcttgagggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcagcctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGATAAAAAACCAGACCCAAAAGGGAGTGAATCGttt < 2:35245‑M2/53‑1 (MQ=255) tctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaccttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtatgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATAACTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAACGGCAGTGAATCGTTTg > 2:397945‑M2/198‑251 (MQ=255) cgggtatccgtagctggattgtgcgcaacttgcctcacggggtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgcctctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatgggctggccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgtttgtcactggtaggtcATACCTAACTTCAGCGGGATAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTaa < 1:180046‑M2/61‑1 (MQ=255) gggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtagggcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAAc < 1:166202‑M2/62‑1 (MQ=255) atccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTggg > 1:410237‑M2/186‑251 (MQ=255) agctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGt > 1:255715‑M2/180‑251 (MQ=255) ctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaccggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc > 2:420358‑M2/178‑251 (MQ=255) ggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAg < 1:58050‑M2/76‑1 (MQ=255) accttgcctctcggtgtggcgcacggcagctggactggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaaaggtgtcggtctggtgattcaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGGAAAAAAACCATAACCAAACGGTAGTGAATCTATTGCTTTTAAATGGGGTATGTTCAGGTGGCGTTGCg > 2:245151‑M2/165‑251 (MQ=255) acttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggaatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGCACAAAAACCATACCCACAAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCgg > 2:20109‑M2/164‑251 (MQ=255) cttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGcggg > 2:121093‑M2/163‑250 (MQ=255) tgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCgg < 1:121093‑M2/88‑1 (MQ=255) gcctcactgtgtggcgcacgtcacggggatgggtatcggtctgttcctgcggctcattgccgcgaacggtgtcggtctggtgagtaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctcccctgtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTGTGCGTTTAACTTGGGATTGTTCATGTGGCGTTGCGGTGtt < 1:165305‑M2/92‑1 (MQ=255) gtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGt < 1:25299‑M2/100‑1 (MQ=255) gggggcgcgcgtaacgggtgttggtatgggtctggtcctgcttctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccacttgatggtctgcccgtttcgctgggtgagttcgcgaccttcccggtgattggcactggtaggtcAAACCTAACGACAACAGTAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGtt < 2:893‑M2/101‑1 (MQ=255) gtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGtt > 2:144797‑M2/150‑250 (MQ=255) ggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg > 1:134648‑M2/141‑251 (MQ=255) gggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggga < 2:321969‑M2/117‑1 (MQ=255) atcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGGGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCtgtg < 1:397945‑M2/126‑1 (MQ=255) tcggtctgttcctgctgctcagtgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCtgtg < 2:154945‑M2/126‑1 (MQ=255) tctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCa < 2:28633‑M2/29‑1 (MQ=255) tctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCa > 1:28633‑M2/121‑149 (MQ=255) tcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGATTGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCCGGATCCg > 2:28751‑M2/116‑251 (MQ=255) tgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACTACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTATCGGTTAACTGGGGATTGTTc < 2:192417‑M2/74‑1 (MQ=255) tgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc > 1:192417‑M2/110‑183 (MQ=255) tcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaaccagcttgatggtctgcccgttgcgctggatgatttcgcgacctccccggtgattgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTctgggt > 1:88757‑M2/107‑249 (MQ=255) tgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgagtgtcactgggaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGGTTGCTTTTCACTGGGGATAGGTCAGGTAGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAGGATCTGTGGCAGGAAACGCCGCtggtatggg > 1:419315‑M2/103‑248 (MQ=255) aaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgatttcgcgacctccccggtgaatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCAAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTAAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGTCTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCTAAGATAGCATTATTTCctct < 1:316497‑M2/177‑1 (MQ=255) gtgattccgccacctccccggtgattgtcacgggtaggtcATCCCAAACGACAACAGAAAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGGGGGAAAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCa < 1:300976‑M2/211‑1 (MQ=255) | CCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCA > NC_000913/4361174‑4361633 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |