New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2563393 | 36 (0.510) | 3 (0.040) | 3/488 | 3.9 | 5.8% | intergenic (+276/‑199) | yffP/yffQ | uncharacterized protein YffP/uncharacterized protein YffQ |
? | NC_000913 | = 3201007 | 62 (0.880) | intergenic (‑42/‑200) | ygiF/ygiM | inorganic triphosphatase/putative signal transduction protein (SH3 domain) | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TTTCATGGTCATCTCATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCTGATCGGATTAACTTTACTCGCAC > NC_000913/3200759‑3201246 | tttCATGGTCATCTAATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTCAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCAGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCACCGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTCTAGGTTATGTCACATAAGAGACGATGAACggg > 1:396029/1‑250 (MQ=255) ggTCATCTCATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACtt < 1:269499/251‑1 (MQ=255) ggTCATCTCATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACGTTAATTCGAGTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACAGAAGTGACGATGAACGGCGAACtt < 2:394366/251‑1 (MQ=255) cATCTCATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTaa < 1:468562/250‑1 (MQ=255) cATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATTCGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGa < 1:468454/250‑1 (MQ=255) gCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCTCGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCAGGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCGTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCttt < 2:468/251‑1 (MQ=255) gACCGTTTTCGCCACGCATAAGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCttttt > 2:577164/1‑251 (MQ=255) gCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGATATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATGTCCTGAGCCAGGGCCTTTGCGTAGCGGTTATGTCTCATAAGTGACGGTGAACGGCTAACTTAATGCGAGCTTTTTTGTCTGTAGa < 2:564693/251‑1 (MQ=255) ccACGAATCCGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGGTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCCGTAGAt < 2:14036/251‑1 (MQ=255) cGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGt < 1:183154/251‑1 (MQ=255) aCGTAAGCCCATATCGTGCCCCCGCAGCCAGTTACCCGGCGTTTCGCAGTACATATTCAGCAACTGCACGGGGTCCTGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTCCTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGAAGATAGCAtttt > 2:552142/1‑251 (MQ=255) gTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTgc < 1:501900/251‑1 (MQ=255) aaGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGAGCTTTTTTGTCAGTATATAGTATTTTgcgc < 1:487923/251‑1 (MQ=255) gCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCa < 1:557234/251‑1 (MQ=255) atatCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAAtt < 1:577164/251‑1 (MQ=255) agcGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAAGGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGc < 2:576801/249‑1 (MQ=255) 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cAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGACAAATTGCCATGCAACGGGc > 1:231525/1‑251 (MQ=255) ttATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGAGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCCCTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTg > 1:37802/1‑250 (MQ=255) tATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGTTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATTGCCTTTACTTATCTGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCTAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCTCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGa < 1:532696/250‑1 (MQ=255) 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ggTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGacac > 2:118745/1‑249 (MQ=255) gTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTc > 2:289910/1‑251 (MQ=255) gCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAAAGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCACCGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCg > 2:536420/1‑251 (MQ=255) 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gAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATg < 2:471232/251‑1 (MQ=255) aGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGc > 1:75246/1‑251 (MQ=255) aGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGc > 2:243045/1‑251 (MQ=255) aTGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACGCAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCaaa < 1:445730/251‑1 (MQ=255) ggCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAAt > 2:472129/1‑251 (MQ=255) ttACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTAc < 1:37532/249‑1 (MQ=255) aCTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGAAGCTAGTATTTTGCGCCACATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCt > 2:520086/1‑251 (MQ=255) aTCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGGAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCTGAt < 2:147117/250‑1 (MQ=255) gTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCTGATCGGATTAACt > 1:386391/1‑251 (MQ=255) tGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCTGATCGGATTAACTTTACTCGCAc > 2:350869/1‑251 (MQ=255) | TTTCATGGTCATCTCATAGCGACCGTTTTCGCCACGAATACGTAAGCCCATATCGTGCCCACGCAGCCAGTTATCCGGCGTTTCGTAGTAAATATTCAGCAACTGCACGGGGTCATGGTGCTCGCCGCCCAGCGTATTGAGATGGTCACGCAACGCCTCAACGGCACTGTGATTAACAATAAACTTTAATTCGATTTCCTGAGCCATGGCCTTTACTTATCGGTTATGTCACATAAGTGACGATGAACGGCGAACTTAATGCGATCTTTTTTGTCAGTAGATAGTATTTTGCGCCAAATTGCCATGCAACGGGCAATTTGACGGGCGTAAAAGTTTGAAGCAGTGGCAAGACCTGACACAGAGGATTCCGATTGATGTCGAATGCTTTGCGTAGCGACACTGATGCCACTACTATCGTTCCACTTTCCATGACAATAACGACAGCCTGATGCCAAAATTACGCCTGATCGGATTAACTTTACTCGCAC > NC_000913/3200759‑3201246 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |