| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 26 [0] | [0] 25 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 25 (0.510) | 24/484 | 0.8 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
CGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCG > NC_000913/4361175‑4361647 | tgtcgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcAt > 1:141709‑M2/249‑250 (MQ=255) cgcgctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgttgcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCt < 1:107373‑M2/6‑1 (MQ=255) gctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAAc < 1:403745‑M2/9‑1 (MQ=255) gctgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacgctaatttctgccacgggtatacgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggagccgcgctcggcacggggattgctatcggtccgttcctgctgctcattgccgctaacggcgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtccgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtagggcATACCTAAc > 1:427514‑M2/243‑251 (MQ=255) ttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggggtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAAAAGGaaa > 1:347398‑M2/230‑250 (MQ=255) ctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcacattgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCaa > 1:406757‑M2/215‑250 (MQ=255) tacggtaatttctgccacgggtatccgtcgctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGt > 2:294495‑M2/210‑250 (MQ=255) acggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacctgcctcacggtgtggcgcaccacacggagattggtatcggtctgttcctgctgctcattaccgctaaccgtctcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAACAAACCATACCCAAACggtcg > 1:184151‑M2/209‑249 (MQ=255) gccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGtt < 2:235092‑M2/52‑1 (MQ=255) ccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTgg < 1:294778‑M2/65‑1 (MQ=255) gattttgcgcaacttgcctcacggggtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtcggcccgttgcgctgggtgactgcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCa < 1:294495‑M2/75‑1 (MQ=255) tgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTg < 1:247119‑M2/79‑1 (MQ=255) cacggggtggcgcacggcacggggattggtttcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAAGCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTGAGGTGGCGTTGCGGTGtt < 2:421638‑M2/92‑1 (MQ=255) cggtgtggcgaacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCACAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGATCCGGGGGCGTTGCGGTGTTTTg > 2:342306‑M2/156‑250 (MQ=255) gcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTa > 1:186464‑M2/147‑248 (MQ=255) acgaggattggtatcgggctgttccttcctctcattgccgcttacggtgtcggtcttgttattaaaaccccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTggg < 1:364420‑M2/112‑1 (MQ=255) gtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctcacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGACTGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATc > 2:268794‑M2/130‑251 (MQ=255) gtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgacctgcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTTAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATc < 1:172298‑M2/122‑1 (MQ=255) atcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCtg < 1:448693‑M2/124‑1 (MQ=255) acggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgtggcgctgggtgactgcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCGAACGGCAACAGGAAAAAAGACCAGACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTGGAACGGGGGAGTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc < 1:453734‑M2/106‑1 (MQ=255) gtgtcggtctggtgattaaaaacccgctttatggtctgcccggtgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATAACCAACAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAACGCATCTtgtataggggggggggg > 2:353925‑M2/94‑245 (MQ=255) tctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGACAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGCATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGc > 1:402822‑M2/87‑251 (MQ=255) tgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCAcc > 1:75915‑M2/42‑251 (MQ=255) gaccttcccggtggttatgtcactggtagctcATACCTAACCACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGACTCTGGGATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAAttt > 1:384328‑M2/33‑250 (MQ=255) cccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGGATAGGGGGAGGGGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGAACCAGATAACCGGCACCATTTATTTATAgccc > 2:180018‑M2/27‑250 (MQ=255) | CGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCG > NC_000913/4361175‑4361647 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |