| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 26 [0] | [0] 25 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 25 (0.510) | 24/484 | 0.8 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
TGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTTCTGGCGCTGGTGA > NC_000913/4278802‑4279274 | tGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCat > 1:141709‑M1/1‑248 (MQ=255) cgcgCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTTGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacct < 1:107373‑M1/251‑7 (MQ=255) gcTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaac < 1:403745‑M1/251‑10 (MQ=255) gcTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGCTAATTTCTGCCACGGGTATACGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGAGCCGCGCTCGGCACGGGGATTGCTATCGGTCCGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGCGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCCGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGGCatacctaac > 1:427514‑M1/1‑242 (MQ=255) gtgtTCCTGATGGGTGTCATGTCTTCGGTACACTCTGTCTCGGGTATCCGTCGCTGGTTTTTGCTCACCTCGCCTCCCGGTGTGGCGCGCGGCACGGTGATTGGTATCGGTCTATTCCTGCTGCTCATTGCCTCTTCCGGTGTCGGTTTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTGGCGCTGGGTTAGTTCGCGACTTTCTCGGTGGCTATGTCACTGGTAGGTcatccccaacgacaacaaga < 2:249542/251‑20 (MQ=255) ttCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGGGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaaaaggaaa > 1:347398‑M1/1‑229 (MQ=255) cTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCACATTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaa > 1:406757‑M1/1‑214 (MQ=255) tACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTCGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggt > 2:294495‑M1/1‑209 (MQ=255) aCGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACCTGCCTCACGGTGTGGCGCACCACACGGAGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTACCGCTAACCGTCTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaacaaaccatacccaaacggtcg > 1:184151‑M1/1‑208 (MQ=255) gCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtt < 2:235092‑M1/248‑53 (MQ=255) ccGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactgg < 1:294778‑M1/250‑66 (MQ=255) gATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGGGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCGGCCCGTTGCGCTGGGTGACTGCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttca < 1:294495‑M1/251‑76 (MQ=255) tGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtg < 1:247119‑M1/250‑80 (MQ=255) cACGGGGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTTTCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaagcgtttgcttttaactggggattgttgaggtggcgttgcggtgtt < 2:421638‑M1/249‑93 (MQ=255) cGGTGTGGCGAACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccacaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgatccgggggcgttgcggtgttttg > 2:342306‑M1/1‑155 (MQ=255) gcacggcacgGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgtta > 1:186464‑M1/1‑146 (MQ=255) acgaggattgGTATCGGGCTGTTCCTTCCTCTCATTGCCGCTTACGGTGTCGGTCTTGTTATTAAAACCCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtggg < 1:364420‑M1/247‑113 (MQ=255) gTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTCACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgactgttaagactgtgggagggagaatc > 2:268794‑M1/1‑129 (MQ=255) gTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTGCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgtttttaatgttaagactgtgggagggagaatc < 1:172298‑M1/251‑123 (MQ=255) aTCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctg < 1:448693‑M1/251‑125 (MQ=255) aCGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTGGCGCTGGGTGACTGCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCataccgaacggcaacaggaaaaaagaccagacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttggaacgggggagtgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagac < 1:453734‑M1/202‑107 (MQ=255) gtgtCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTTATGGTCTGCCCGGTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccataaccaacaggaagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaacgcatcttgtataggggggggggg > 2:353925‑M1/1‑93 (MQ=255) tCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGACTTCGCGACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggacaaaaaaccatacccaaaaggtagtgcatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagc > 1:402822‑M1/1‑86 (MQ=255) tgacttcgcgACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctggtatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgtaccagataaccggcacc > 1:75915‑M1/5‑41 (MQ=255) gACCTTCCCGGTGGTTATGTCACTGGTAGCTCatacctaaccacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgactctgggatagggggaggcgaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgtaccagataaccggcaccattaattt > 1:384328‑M1/1‑32 (MQ=255) cccGGTGGTTATGTCACTGGTAGGTCatacctaacgacaacaggaaaaaaaaccatacccaaaaggtagtgaatcgtttgcttttaactggggattgttcaggtggcgttgcggtgttttgaatgttaagactgtgggagggagaatctgtggcaggaaccgcctctgggatagggggaggggaagatagcattatttcctctccctcttcttcgctgaaccagataaccggcaccatttatttatagccc > 2:180018‑M1/1‑26 (MQ=255) | TGTCGCGCTGGGTGCCGTGTTCCTGATGGGTGTGCTGTTTACGGTAATTTCTGCCACGGGTATCCGTAGCTGGATTTTGCGCAACTTGCCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGCGATGAAAACGGCAATTCACTGATTGGCAGCCTGGACATTATGGGCGCGCTGAATCCTGTAGTCCTGCCAAGCGTTCTGGCGCTGGTGA > NC_000913/4278802‑4279274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |