| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,279,050 | Δ82,373 bp | [ghxP]–[cadC] | 72 genes [ghxP], yjcE, yjcF, actP, yjcH, acs, ytcB, nrfA, nrfB, nrfC, nrfD, nrfE, nrfF, nrfG, gltP, yjcO, fdhF, mdtP, mdtO, mdtN, ytcA, yjcS, alsK, alsE, alsC, alsA, alsB, alsR, rpiB, yjdP, phnP, phnO, phnN, phnM, phnL, phnK, phnJ, phnI, phnH, phnG, phnF, phnD, phnC, yjdN, yjdM, rdcA, rdcB, proP, pmrR, basS, basR, eptA, adiC, adiY, adiA, melR, melA, melB, yjdF, fumB, dcuB, dcuR, dcuS, yjdI, yjdJ, ghoS, ghoT, lysU, dtpC, cadA, cadB, [cadC] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4279050 | 4361422 | 82373 | 44 [0] | [0] 44 | [ghxP]–[cadC] | [ghxP],yjcE,yjcF,actP,yjcH,acs,ytcB,nrfA,nrfB,nrfC,nrfD,nrfE,nrfF,nrfG,gltP,yjcO,fdhF,mdtP,mdtO,mdtN,ytcA,yjcS,alsK,alsE,alsC,alsA,alsB,alsR,rpiB,yjdP,phnP,phnO,phnN,phnM,phnL,phnK,phnJ,phnI,phnH,phnG,phnF,phnD,phnC,yjdN,yjdM,rdcA,rdcB,proP,pmrR,basS,basR,eptA,adiC,adiY,adiA,melR,melA,melB,yjdF,fumB,dcuB,dcuR,dcuS,yjdI,yjdJ,ghoS,ghoT,lysU,dtpC,cadA,cadB,[cadC] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4279049 | 0 (0.000) | 44 (0.720) | 41/484 | 0.5 | 100% | coding (571/1350 nt) | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| ? | NC_000913 | 4361423 = | 0 (0.000) | coding (512/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC | |||||
TGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGTAGCGAT > NC_000913/4361181‑4361667 | gctgggtgccgggttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatggcactggtaggtcATACCTAAc < 2:285763‑M2/9‑1 (MQ=255) tgggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACg > 1:522544‑M2/241‑250 (MQ=255) ggtgccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGaca < 2:557426‑M2/13‑1 (MQ=255) gccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGacaac > 2:65255‑M2/236‑250 (MQ=255) ccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggatttttcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAg < 1:467347‑M2/17‑1 (MQ=255) ccgtgttcctgatgggtgtgctgtttacggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAg < 1:182124‑M2/17‑1 (MQ=255) tacggtattttcggccccgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcccggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaccggtgtcggtcgggtgattaaaaccccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgccttcgagacctccccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGt < 2:361506‑M2/41‑1 (MQ=255) ggtaatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcgcggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtagggcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTg < 2:232024‑M2/45‑1 (MQ=255) aatttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGaa < 2:299162‑M2/47‑1 (MQ=255) atttctgccacgggtatccgtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATc < 1:250720‑M2/49‑1 (MQ=255) gtagctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggcctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAACGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTgggg > 2:562136‑M2/184‑250 (MQ=255) agctggattttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGAtt < 1:578621‑M2/70‑1 (MQ=255) gattttgcgcaacttgcctcacgttgtggtgcccggcacggtgattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctagcggtgtctgtctggtgagtaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgcggggtggcttcgctaccttcccggtggttatttcactggtaggtcATACCTTACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCa < 2:57532‑M2/75‑1 (MQ=255) attttgcgcaacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtaATACCTAACGCCAACAGGAAAAACAACCATAACCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTc > 1:515783‑M2/176‑249 (MQ=255) cgcaacttgcctcactgtttgtcgctcggcacgggtagtggtatcggtcttttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatgttctgcccgttgcgctgggtgacttctcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAATGTAGTGAATCGTTTGCGTTTAACGGGGGATTGTTCATGTGgct < 2:515783‑M2/82‑2 (MQ=255) caacttgcctcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGtt > 1:362772‑M2/168‑251 (MQ=255) 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tcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt < 2:351363‑M2/51‑1 (MQ=255) tcacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGt > 1:351363‑M2/159‑209 (MQ=255) cacggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGtttt > 2:492764‑M2/158‑251 (MQ=255) acggtgtggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg > 2:257412‑M2/157‑251 (MQ=255) ggcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTa < 1:257412‑M2/102‑1 (MQ=255) gcgcacggcacggggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTaa < 1:493546‑M2/103‑1 (MQ=255) ggattggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggg > 1:542016‑M2/136‑251 (MQ=255) attggtatcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatgggctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatggcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGCGGCGTTGCGGTGTTTTGAAGGTTAAGACTGGgggaggg > 2:301897‑M2/134‑249 (MQ=255) atcggtctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtcttcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcacttgtaggtcATACCTAACGACAACATGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGACGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCt < 1:543489‑M2/123‑1 (MQ=255) ctgttcctgctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGc > 1:539946‑M2/122‑249 (MQ=255) gctgctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGcc < 2:362772‑M2/138‑1 (MQ=255) gctcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCct < 2:542016‑M2/139‑1 (MQ=255) tcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGtt > 2:253964‑M2/109‑160 (MQ=255) tcattgccgctaacggtgtcggtctggtgattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGtt < 1:253964‑M2/52‑1 (MQ=255) tgcccctaacggtgtgggtttggtgattaaaaccccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCTTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCCTCTGGtat < 1:492764‑M2/146‑1 (MQ=255) gtctggtgattaaaaacccgcttgttggtctgcccgtggcgcggggtgacttcgcgaccttccggggggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAACCCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGGGTTTTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGGGGGAGAATCTGTGGCG‑GAAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAg < 1:65255‑M2/164‑1 (MQ=255) gattaaaaacccgcttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCattatt > 1:80595‑M2/81‑251 (MQ=255) ttgatggtctgcccgttgcgctgggtgacctcgcaaccttcccggtgtttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACACAAGAAAAAAAAACCATCCCAAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTACCTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTTTTTTGAATGTTAAGTCTTTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCctct < 1:65130‑M2/183‑1 (MQ=255) atggtctgcccgttgcgctgggtgacttcgcgaccttcccggtggttatgtcactggtaggtcATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGGCTCTTGTATTGGGGGAGGGGAAGATAGCATTATTTACTCTCCCTCttcttc > 2:89386‑M2/64‑251 (MQ=255) 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TGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAATCACCCACGCCTATCGCGTAAGAGAGCTGATACGGGGAACTCCAGCTGTTACAACTTTTATTTACCATATTAATGTCAATATCGCGTGGATTGAGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGGAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCA‑GGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGCTGTACCAGATAACCGGCACCATTAATTTATAGCCGCGCTTTGGTACAGTAGCGAT > NC_000913/4361181‑4361667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |