| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,048,805 | Δ48,085 bp | [gfcB]–ycdU | 45 genes [gfcB], gfcA, insA4, insB4, cspH, cspG, ymcF, ymcE, gnsA, yccM, torS, torT, torR, torC, torA, torD, cbpM, cbpA, yccE, agp, yccJ, wrbA, ymdF, rutG, rutF, rutE, rutD, rutC, rutB, rutA, rutR, putA, ymdG, putP, efeO, efeB, phoH, pgaD, pgaC, pgaB, pgaA, dgcT, insF4, insE4, ycdU |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1048805 | 1096889 | 48085 | 68 [0] | [2] 70 | [gfcB]–ycdU | [gfcB],gfcA,insA4,insB4,cspH,cspG,ymcF,ymcE,gnsA,yccM,torS,torT,torR,torC,torA,torD,cbpM,cbpA,yccE,agp,yccJ,wrbA,ymdF,rutG,rutF,rutE,rutD,rutC,rutB,rutA,rutR,putA,ymdG,putP,efeO,efeB,phoH,pgaD,pgaC,pgaB,pgaA,dgcT,insF4,insE4,ycdU |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1048804 | 0 (0.000) | 68 (0.940) | 56/488 | 0.1 | 100% | coding (529/645 nt) | gfcB | lipoprotein GfcB |
| ? | NC_000913 | 1096890 = | 0 (0.000) | intergenic (+61/+675) | ycdU/serX | uncharacterized protein YcdU/tRNA‑Ser | |||||
GATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCA‑GCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAG‑TTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCT > NC_000913/1096643‑1097135 | acattttccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgAttg > 1:482945‑M2/248‑251 (MQ=255) ccacggggccaacggaaagtgtctgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTg < 1:489303‑M2/11‑1 (MQ=255) aggtgactgttgttcaccaggcagataaatagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagaacgctggcaatgaaatacgactgaaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacacctgcgcctaacatttgccgactttgacgcacctggccagtagccgaatcgacacagactgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGt > 2:454401‑M2/225‑249 (MQ=255) gttgttcaccaggcagataaagagtcaccgttccttgcgcaaaggcatggggtgtcattacgtaaagtacgctggcaatgaaatacgactgtaatttattcatggtgcgggtttaagaaacgtcatttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgatcctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGAtgtg < 1:421702‑M2/32‑1 (MQ=255) 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catttatacgggaataacccctgcgccgaacatttgccgactttgacgaacctggcctgtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATCCGAAAAAAAAGCCCGTACGTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACtcgc < 1:228370‑M2/158‑1 (MQ=255) atttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgcggactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGATTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACtcgct < 2:473209‑M2/159‑1 (MQ=255) atttctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACtcgct < 1:85168‑M2/159‑1 (MQ=255) tctacgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACtcgcttc < 1:39200‑M2/161‑1 (MQ=255) acgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgaacctggccagtagccgaatcgacccagaatgtgttttgcccctgATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGC‑‑GGT‑GAGGGGGGGATTGACtcgcttcgct < 1:134505‑M2/164‑1 (MQ=255) cgggaataacccctgcgcctaacatttgccgactttgacgcacctggccagtacccgaatcgacccagaatgtgttttgccactgATTGTTGACTGGGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAAACGGGGGCGGGGGCACCCGGTGTCTGCAATATACGAAAAAAAAGACCGTCCTCTCGTACGAGCTCTTCTTTaaatatggcggggt‑gagggggggtgtatcgcgccgtgcc > 1:267282‑M2/86‑235 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |