| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,411,645 | 9722 bp→A | yhdJ–[yhdY] | yhdJ, yhdU, envR, acrE, acrF, yhdV, yhdX, [yhdY] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3411645 | 3421366 | 9722 | 60 [0] | [0] 62 | yhdJ–[yhdY] | yhdJ,yhdU,envR,acrE,acrF,yhdV,yhdX,[yhdY] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3411644 | 0 (0.000) | 60 (0.830) +A |
55/490 | 0.1 | 100% | intergenic (+77/‑9) | fis/yhdJ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Fis/DNA adenine methyltransferase |
| ? | NC_000913 | 3421367 = | 0 (0.000) | coding (43/1104 nt) | yhdY | putative ABC transporter membrane subunit YhdY | |||||
GATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGC > NC_000913/3411406‑3411887 | gATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataactta > 1:447168‑M1/1‑239 (MQ=255) aTGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcg < 1:533162‑M1/251‑20 (MQ=255) ctATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACNGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggt < 2:288919‑M1/249‑25 (MQ=255) gAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggt < 2:7602‑M1/251‑31 (MQ=255) aCTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGANATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaa < 2:253188‑M1/250‑38 (MQ=255) cTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaa > 1:223975‑M1/1‑212 (MQ=255) gCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatct > 1:457637‑M1/1‑209 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacttaacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagct < 2:452098‑M1/251‑54 (MQ=255) gCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctgga < 1:494585‑M1/251‑57 (MQ=255) ccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGTGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAGTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTGGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTGTTTTATAGGTTTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagca < 2:194303‑M1/251‑60 (MQ=255) 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ccccgTGGTAACCAGACCCGTGCGGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcat < 2:457637‑M1/250‑85 (MQ=255) ggTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggt < 1:216299‑M1/250‑90 (MQ=255) ggTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTAAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggtt < 2:136886‑M1/251‑91 (MQ=255) cAGACCCGTGCTGCGCTTATGATGGGCATCANCCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCGTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTGTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccatctggagcaatagcctgctgtctattggctgcatatggttgatgtg < 2:273380‑M1/251‑97 (MQ=255) cAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtg > 1:510157‑M1/1‑155 (MQ=255) gACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAAGACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtggg < 1:104395‑M1/251‑99 (MQ=255) gtgatgcgatgATGATGGGCATCAACCGTGGTACGTTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCGGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATTGAGAAGCGCCTTTTGTATAGGTGTCACAAAGGacatacctgaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactg < 2:336064‑M1/247‑104 (MQ=255) gctgcGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatc < 2:13896‑M1/251‑106 (MQ=255) gcgcTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatttgggaactgatc < 2:218573‑M1/249‑107 (MQ=255) gatgGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAAGTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTGTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttg < 2:25417‑M1/250‑116 (MQ=255) gggCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctg < 1:569216‑M1/250‑119 (MQ=255) cATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGCTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggggtgggtgcgaaacaatctgttctccagctggggcaatagcctgctgactattggctgcatatggttggtgtgggtactgtacccacagttgcttaact > 2:3722‑M1/1‑129 (MQ=255) aTCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactg < 1:151237‑M1/251‑124 (MQ=255) gTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcattt < 2:223975‑M1/251‑131 (MQ=255) aaaaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggcgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactg > 1:245753‑M1/1‑107 (MQ=255) aaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttg < 2:368642‑M1/196‑92 (MQ=255) aaaaTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttg > 1:368642‑M1/1‑105 (MQ=255) aTTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttg < 1:425810‑M1/251‑150 (MQ=255) aaaaaTACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctc > 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gcgcCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctcaacgcgtgccgactgcacaaaagccggtgcctgttgggtcttcatccacgaacgatttggtcagtttatgt > 1:312890‑M1/1‑27 (MQ=255) ccTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctcaacgcgtgccgactgcacaaaagccggtgcctgttgggtcttcatccacgaacgatttggtcagtttatgtatg < 1:212518‑M1/251‑228 (MQ=255) tttATAGGTGTCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctcaacgcgtgccgactgcacaaaagccggtgcctgttgggtcttcatccacgaacgatttggtcagtttatgtatgggct < 1:94385‑M1/250‑232 (MQ=255) gtCACAACGGacataaattaagccgcgcgctggtgtgggtgcgaaaaaatctgttatccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatgtttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaactgggttggctcaacgcgggccgactgcacaaaagacggtgcctgttggggcttcatccacgtacgatntggtcagattaataatgggctttaccaacac > 2:271814‑M1/1‑10 (MQ=255) gtCACAAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgctaaaaaatctgttctccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgtgggaactgatcccaccgttgctgaactgggcatttttgcaggctaccttggttggctcaacgcgtgccgactgcacaaaagccggtgcctgttgggtcttcatccacgaacgatttggtcagtttatgtatgggctttaccctca < 1:51892‑M1/250‑241 (MQ=255) cacaAAGGacataacttaagccgcgcgatggtgtgggtgcgaaaaaatctgttatccagctggagcaatagcctgctgactattggctgcatatggttgatgggggaactgaacccaccgttgctgaactgggcatttttgcatgctaaatgggttggctcaacgcgtgccgacggcacaaaagccgatgcctggtgggtcttcatccacgaactatttggtcaggttatgtaggggctttaccccaacgc > 2:548116‑M1/1‑8 (MQ=255) | GATGTGAATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGCGTTCTGAAAAAGC > NC_000913/3411406‑3411887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |