| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,588,756 | Δ970 bp | [ydeS]–[ydeT] | [ydeS], [ydeT] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1588756 | 1589725 | 970 | 31 [0] | [0] 31 | [ydeS]–[ydeT] | [ydeS],[ydeT] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1588755 | 0 (0.000) | 31 (0.540) | 29/490 | 0.8 | 100% | coding (85/531 nt) | ydeS | putative fimbrial protein YdeS |
| ? | NC_000913 | 1589726 = | 0 (0.000) | coding (276/1149 nt) | ydeT | fimbrial usher domain‑containing protein YdeT | |||||
ACTGGTGCCAGACGATGTATTACCTCCGTGGGTGTTACCGACCTGAACGCTATAATTCAGGTTATTATCCGGCAGCAGAGTGCCATAAACCCCCGATAGATTGGTCATGCCGCCTTTCAAATCGTTTGACATACTGTAACTGGCGTTTGAATTACGAAATGCCGACTGACTGTCTGTACGCATCCAATGACTGAAGGGAACATTAAGCGTAAAAGCGAGTAAATGATCCCGATCGTTTTGCCATATATTATTGGAATAGCTGTAATTCAGCGAAGTCGTAATATCACCAAACGGCACATTTAATCCAAATGATATTTGCTGGTCGCTGCGTGACGTGTTCCAGTAACTTTGGCGACTGGCACTGAAAAATGTCGTACCGTAATTTCCAAGCTGCTGAGAGATGCTTATTTGTTCCTGACCACGCTTACTGTAGAACAGATTAAAATAATCAATAAATTGTGTCTGCTCATTGGT > NC_000913/1589492‑1589965 | tccttcatccagtttcaacaaagtattattttctgcatcctcaataccgttaaatgcaacccgaacccccgttgtccctttgctgcattcacttaacgtaatctgaaaagggacggctggacttgtgctaccggtcgttggaaattgtctggcactgtttttttggagatctacggtaaaattaagcgaatccgatgagactgtgcagccataatcgaggacgcgcccgctaatGTTTTGCCATAtatta < 1:546035‑M2/16‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |