| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,704,350 | Δ390 bp | blr | blr | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1704350 | 1704739 | 390 | 21 [0] | [4] 25 | blr | blr |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1704349 | 0 (0.000) | 21 (0.490) | 21/482 | 1.0 | 93.3% | intergenic (‑41/‑202) | ydgJ/blr | putative oxidoreductase YdgJ/beta‑lactam resistance protein |
| ? | NC_000913 | 1704740 = | 3 (0.070) | intergenic (+64/‑209) | blr/cnu | beta‑lactam resistance protein/H‑NS‑ and StpA‑binding protein | |||||
TGAAGTTAATGGATCAATCAAGAGAGATGTGGGCTGTAATGAATCGTCTTATTGAATTAACAGGTTGGATCGTTCTTGTCGTTTCAGTCATTCTTCTTGGCGTGGCGAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATC > NC_000913/1704513‑1704987 | atcgttaaacagatgcttcggctcagagacaaccgtaaccgttggccagtcggcttttacttttgtttcatcactgctggagattaccgccagttcctgcccgggcgtgcccgcaatcaggggcgcatggaaggttttgctcgcataaccatacccaatcaacccaacacggatgttgtcgctcatgtcattgcctctcattgaagtatgatggctatttgacactaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTc < 1:175104‑M2/24‑1 (MQ=255) ttaaacagatgttgcggctcagagacaaccgataccgttggccagtcggcttttacttttgtttcaccactgcgggagatgaccgccagttcctgcccgggcgtgcccgcaatcaggggcgcatggaaggttttgctcgcataaccatacccaatcaacccaacacggatgttgtcgctcatgtcattgcctctcattgaagtatgatggctatttgacactaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCg < 2:52083‑M2/25‑1 (MQ=255) gctcagagacaaccgtaaccgttggccagtcggcttttacttttgtttcatcactgctggagattaccgccagttcctgcccgggcgtgcccgcaatcaggggcgcatggaaggttttgctcgcataaccatacccaatcaacccaacacggatgttgtcgctcatgtcattgcctctcattgaagtatgatggctatttgacactaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTc > 1:376361‑M2/208‑250 (MQ=255) ccgtacccgttggccagtcggcttttgctttggtttcatccctgctggagattaccgccagttcctgcccgggcgtgcccgcaatcaggggcgcatggaaggttttgctcgcataaccatacccaatcaacccaacacggatgttgtcgctcatgtcattgcctctcattgaagtatgatggctatttgacactaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAg < 2:196049‑M2/56‑1 (MQ=255) 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tatttgacactaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATACCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACAAAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAAttt > 2:374581‑M2/13‑251 (MQ=255) atttgacactaACCCAGGAATTTATTTTCTTGTGCGATGTTGTTGGTTATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTTCCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGTCCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAAttt < 2:464397‑M2/239‑1 (MQ=255) ctaAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGTAAAGCGCGTTACTCTTTTCAGAGCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATc > 1:337241‑M2/4‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |