New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4093990 | 13 (0.360) | 24 (0.750) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
23/424 | 0.4 | 66.9% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑1‑phosphate aldolase |
? | NC_000913 | 4097452 = | 14 (0.380) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/DNA‑binding transcriptional activator RhaS |
CACTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTAAAGGCATGGGCTGGCTGAGCGGGATATAGCGCGGTTGTTGGTGGAAATTGTCGTGATATGGTGCGATATCGGCGTCATCCAGGCGTAGCGTCAGGTTGCCGCCGTTGCGCTCATCCCAGCCTTTCAGCCAGGCGTCGGTGGTGGCTTTGATCATTC > NC_000913/4093758‑4094238 | cacTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGtt > 1:346644/1‑251 (MQ=255) cTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGtt > 1:123101/1‑249 (MQ=255) ttGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACCTAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGACAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGt > 1:412945/1‑251 (MQ=255) cGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGGTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt < 2:125452‑M1/251‑46 (MQ=255) tGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTCATGCGCTCGCCGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGCCGCTGTCGTCgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgacgatcggatgagcac > 1:410460‑M1/1‑202 (MQ=255) tGAAGACCGCGGTGTCGTTCTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGTCGTTGCAGTGCATGAACTCCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTGTAAGGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGTAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGGTGGTTATCCCCCAAATAATGTGGTAGCTCGCGCCGGCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtga < 2:410460‑M1/235‑34 (MQ=255) gAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAATTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTTAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt < 2:25635‑M1/251‑51 (MQ=255) ggTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGGTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTGAACCCCCAAATAATTTGGTAGCCCGCGCCGGCGCTGTCGACggttgcggagcctctagagtcgacatagggtgatcctgctgaatttcattacgaccagt < 1:211355‑M1/251‑60 (MQ=255) ttttCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCACTGCCTGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTAGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCggg > 1:393287/1‑250 (MQ=255) aaGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtggtcctgc > 2:357020‑M1/1‑180 (MQ=255) aaGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc < 1:357020‑M1/219‑40 (MQ=255) ggTGAGGGCGATCAGGATGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGAATCAAGCTGGACGTTACGGCAGACTTTACCCGAGACGGTGACAATAAACGgtg > 2:7070/1‑251 (MQ=255) gAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTAt > 1:375009/1‑251 (MQ=255) 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cAGGTTGGGGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCGTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGCCGATGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGACGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGCGCCGGTGACAATAAACGGCGTATTTTCCAGt > 2:11877/1‑250 (MQ=255) ggTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTGCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttac < 2:160303‑M1/251‑95 (MQ=255) ggcgtggcAGGGCATGTTCCCCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGGAGTGGTAAAGTAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTTGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACTTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTAAAGGCATgg < 2:346644/251‑1 (MQ=255) gtggcAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTTGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGGCGCTGTCGGCgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaa < 1:340772‑M1/251‑105 (MQ=255) ttGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTAAAGGCATGGGCTGGCTGAGCGGGATATAGCGCGgt < 1:326700/249‑1 (MQ=255) tGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaa > 1:16289‑M1/1‑121 (MQ=255) ggtggCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattgcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgt < 1:243593‑M1/251‑138 (MQ=255) tttAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgat > 2:123112‑M1/1‑108 (MQ=255) cTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaat > 1:22593‑M1/1‑99 (MQ=255) 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gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgcggaattgtggtgatgtgatgctcac < 2:22593‑M1/251‑182 (MQ=255) aCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaa < 1:123112‑M1/251‑196 (MQ=255) cccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCGTTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttacggacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtcgggatgtgatgctcaccgcatttccggaaaattcacgctgtatcttgaa < 2:199411‑M1/251‑215 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaaattcacgctgtatcttgaaa > 1:79564‑M1/1‑35 (MQ=255) cgcgCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattaagaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaaattcacgctgtatcttgaaaaatcgacgttttttacgt > 2:193940‑M1/1‑18 (MQ=255) gcgCTGCCGACgtatgctgatcctctagagtcgacatattgtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgccggaatacgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaaattcacgctgtagcttgaaaaatcgacgttttttacgtggttttc < 2:64991‑M1/250‑241 (MQ=255) cGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgagcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaagtcgcgtccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaaattcacgctgtatcttgaaaaatcgacgttttttacgtggttttc < 1:384239‑M1/250‑241 (MQ=255) gTCGACgcatgcggatcctctagagtctacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgaccttctcgttactgacaggaaaatgggccattggcaaccagggaaagatgaacgtgatgatgttcacaatttgctgaattgtggtgatgtgatgctcaccgcatttcctgaaaattcacgctgtatcttgaaaaatcgacgttttttacgtggttttccgtc < 2:293929‑M1/250‑245 (MQ=255) gccTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTAAAGGCATGGGCTGGCTGAGCGGGATATAGAGCGGTTGTTGGTGGAAATTGTCGTGATATGGTGCGATATCGGCGTCTTCCAGGCGTAGCGTCAGGTTGCCGCCGTTGCGCTCATCCCAGCCTTTTAGCCAGGCGTCGGTGGCGGCTTTgcacattc > 2:6429/3‑244 (MQ=255) | CACTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTAAAGGCATGGGCTGGCTGAGCGGGATATAGCGCGGTTGTTGGTGGAAATTGTCGTGATATGGTGCGATATCGGCGTCATCCAGGCGTAGCGTCAGGTTGCCGCCGTTGCGCTCATCCCAGCCTTTCAGCCAGGCGTCGGTGGTGGCTTTGATCATTC > NC_000913/4093758‑4094238 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |