| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2357730 | 124 (1.350) | 6 (0.080) | 6/506 | 6.4 | 5.5% | coding (827/900 nt) | rpnE | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE |
| ? | NC_000913 | 2357926 = | 99 (1.250) | intergenic (+123/+116) | rpnE/yfaU | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE/2‑keto‑3‑deoxy‑L‑rhamnonate aldolase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCATTGCTGCGCCATATCAGGAGCCACAGCCAGAAAACCAGCCGCTTTACCCGCA > NC_000913/2357628‑2358222 | gatgaaTGACTATTGCTGAACGGCTACTGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGAGTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGTAGGAAGGTAAATTATAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:572094/296‑1 (MQ=255)gaTTAATGATTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGGAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCACGAACAAGCCATTAAAATGGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCAACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCAGTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 2:369835/300‑1 (MQ=255)gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGTTATTCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTTAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 2:426644/300‑1 (MQ=255)gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:572103/300‑1 (MQ=255)gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCGGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGTAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCTGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:277137/300‑1 (MQ=255)gaTTAACGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGTTTTGCGCATGCTGGAGCAGTGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 2:358763/300‑1 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGANCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACNACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa > 2:547885/1‑300 (MQ=255) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACa > 1:453082/1‑300 (MQ=255) tAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCATGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 2:730309/297‑1 (MQ=255) cTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGAAAACCCAAATCACTGATGCTGATCTTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACAGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGCACAAACACTTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGAttt > 2:251240/1‑299 (MQ=255) 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cTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCATTGCTGCGCCATATCAGGAGCCACAGCCAGAAAACCAGCCGCTTTAccc > 1:450362/1‑299 (MQ=255) gAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCATTGCTGCGCCATATCAGGAGCCACAGCCAGAAAACCAGCCGCTTTACCCgca > 1:704665/1‑299 (MQ=255) gAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCATTGCTGCGCAATATCAGGAGCCACAGCCAGAAAACCAGCCGCTTTACCCgca > 2:677382/1‑299 (MQ=255) | GATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAAT‑GACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCCAACAGCGACAAAGTTCGCTCCCCACGCCAGGCATTGCTGCGCCATATCAGGAGCCACAGCCAGAAAACCAGCCGCTTTACCCGCA > NC_000913/2357628‑2358222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |