| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,669,715 | 0 | G | T | 33.9% | 159.7 / 16.7 | 109 | E42* (GAG→TAG) | treF | cytoplasmic trehalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/34); new base T (0/37); total (38/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
AACACCAAATCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGAAAATTCAAAACCCTAATCCAGACGAACTGATGATCGAAGTCGATCTCTGCTATGAGCTGGACCCGTATGAATTAAAACTGGATGAGATGATCGAGGCAGAACCGGAACCCGAGATGATTGAAGGGCTGCCTGCCTCTGATGCGCTGACGCCTGCCGATCGCTATCTCGAACTGTTCGAGCATGTTCAGTCGGCGAAAATTTTCCCCGACAGTAAAACCTTTCCCGACTGCGCACCTAAAATGGACCCGCTGGATATCTTAATCCGCTACCGTAAAGTGCGCCGTCATCGTGATTTTGACTTGCGCAAGTTTGTTGAAAACCACTTCTGGCTGCCGGAGGTCTACTCCAGCGAGTATGTATCGGACCCGCAAAATTCCCTGAAAGAGCATATCGACCAGCTGTGGCC > NC_000913/3669424‑3670010 | aacaCCAAATCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGAAAATTCAAAACCCTAATCCAGACGAACTGATGATCGAAGTCGATCTCTGCTATGAGCTGGACCCGTATGAATTAAAACTGGATGAGATGATCGAGGCAGAACCGGAACCCTAGATGAtt < 1:792379/300‑1 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aCCCTAGATGATTGAAGGGCTGCCTGCCTCTGATGCGCTGACGCCTGCCGATCGCTATCTCGAACTGTTCGAGCATGTTCAGTCGGCGAAAATTTTCCCCGACAGTAAAACCTTTCCCGACTGCGCACCTAAAATGGACCCGCTGGATATCTTAATCCGCTACCGTAAAGTGCGCCGTCATCGTGATTTTGACTTGCGCAAGTTTGTTGAAAACCACTTCTGGCTGCCGGAGGTCTACTCCAGCGAGTATGTATCGGACCCGCAAAATTCCCTGAAAGAGCATATCGACCAGCTGTGGcc < 1:843780/300‑1 (MQ=255) aCCCTAGATAATTGAAGGGCTGCCTGCCTCTGATGCGCTGACGCTTGCCGATCGCTATCTCGAACTGTTCGAGCATGTTCAGTCGGCGAAAATTTTCCCCGACAGTAAAACCTTTCCCGACTGCACACCTAAANTGGACCCGCTGAATATCTTAATCCGCTACCGTAAAGTGCGCCGTCATCGTGATTTTGACTTGCGCAAGTTTGTTGAAAACCACTTCTGGCTGCCGGAGGTCTACTCCAGCGAGTATGTATCGGACCCGCAAAATTCCCTGAAAGAGCATATCGACCAGCTGTGGcc < 2:279829/300‑1 (MQ=255) aCCCGAGATGATTGAAGGGCTGCCTGCCTCTGATGCGCTGACGCCTGCCGATCGCTATCTCGAACTGTTCGAGCATGTTCAGTCGGCGAAAATTTTCCCCGACAGTAAAACCTTTCCCGACTGCGCACCTAAAATGGACCCGCTGGATATCTTAATCCGCTACCGTAAAGTGCGCCGTCATCGTGATTTTGACTTGCGCAAGTTTGTTGAAAACCACTTCTGGCTGCCGGAGGTCTACTCCAGCGAGTATGTATCGGACCCGCAAAATTCCCTGAAAGAGCATATCGACCAGCTGTGGcc < 1:92373/300‑1 (MQ=255) | AACACCAAATCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGAAAATTCAAAACCCTAATCCAGACGAACTGATGATCGAAGTCGATCTCTGCTATGAGCTGGACCCGTATGAATTAAAACTGGATGAGATGATCGAGGCAGAACCGGAACCCGAGATGATTGAAGGGCTGCCTGCCTCTGATGCGCTGACGCCTGCCGATCGCTATCTCGAACTGTTCGAGCATGTTCAGTCGGCGAAAATTTTCCCCGACAGTAAAACCTTTCCCGACTGCGCACCTAAAATGGACCCGCTGGATATCTTAATCCGCTACCGTAAAGTGCGCCGTCATCGTGATTTTGACTTGCGCAAGTTTGTTGAAAACCACTTCTGGCTGCCGGAGGTCTACTCCAGCGAGTATGTATCGGACCCGCAAAATTCCCTGAAAGAGCATATCGACCAGCTGTGGCC > NC_000913/3669424‑3670010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |