| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,181,285 | C→T | R147R (AGG→AGA) | ymfA ← | putative inner membrane protein YmfA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,181,285 | 0 | C | T | 99.2% | 434.1 / NA | 119 | R147R (AGG→AGA) | ymfA | putative inner membrane protein YmfA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (73/45); total (74/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TCCTTTTACATCACTCAATGAAGATGACGCATGCGCCAGCATCGCTTTACCATTTTGTCTGAGACTGGCTTCATTATTAATGTCGGGTAAAACCACAATAAACGGTGCAATTCCCGTTTGTTGGCGAAAAAGCTCGGCTTTATGCGCGATCTCTTCAGCATCTGGTACAGTACCGGTAACGTCCGTAAAAAGTGTCTTCATTATTGGAATTAATGGCTTGCTGGCTGCTGTCAGAGGCAGGAGTATCAGTAAACTGAGCAGTATAATGAATTTTTTCATGGGCGGGACTTCCGTTTCCTGCGTGATTTTTTAGAGGAGGGCATACTTATTAATAAACCGACGGCGATAAAAATAACGCCCATAATGCCGATAAACCCCCATTTAAAAAAATTAACCCACGGGTTATTTATCTCAGCCTTTTCAGGATGCCCGGGAGAATAATAAACATTAACTTTATCGCCTTCGCTGTCTTCATAAAAATCGCTGCCGATACTCGAATTGAAAATTAGCGTGTAATCTGGCGTCGGTCGAAAGGCAACGACGGGATACCACGAACCATCTTTACCCGTGCGATGAGAATGACTGGAGT > NC_000913/1180989‑1181577 | tCCTTTTACATCACTCAATGAAGATGACGCATGCGCCAGCATCGCTTTACCATTTTGTCTGAGACTGGCTTCATTATTAATGTCGGGTAAAACCACAATAAACGGTGCAATTCCCGTTTGTTGGCGAAAAAGCTCGGCTTTATGCGCGATCTCTTCAGCATCTGGTACAGTACCGTTAACGTCCGTAAAAAGTGTCTTCATTATTGGAATTAATGGCTTGCTGGCTGCTGTCAGAGGCAGGAGTATCAGTAAACTGAGCAGTATAATGAATTTTTTCATGGGCGGGACTTCCGTTTTCTg < 2:237064/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |