| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,953,043 | A→G | D187G (GAT→GGT) | ilvE → | branched‑chain‑amino‑acid aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,953,043 | 0 | A | G | 99.0% | 365.1 / NA | 99 | D187G (GAT→GGT) | ilvE | branched‑chain‑amino‑acid aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (44/54); total (45/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACAATCTCACCAGCGCCTATATCCGTCCGCTGATCTTCGTCGGTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGATGTGAACGGTTATATCTCTGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCATCATCAAACTGGCGAAAGAGCTGGGAATTGAAGTACGTGAGCAGGTGCTGTCGCGCGAATCCCTGTACCTGGCGGATGAAGTGTTTATGTCCGGTACGGCGGCAGAAATCACGCCAGTGCGCAGCGTAGACGGTATTCAGGTTGGCGAAGGCCGTTGTGGCCCGGTTACCAAACGCA > NC_000913/3952750‑3953336 | aaaCAATCTCACCAGCGNCTATATCCGTCCGCTGATNTTCGTCGTTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTNTCGCGCTGGGTGTGaa < 1:776355/300‑1 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ccTATATCCGTCCGCTGATCTTCGTCGGTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTCTGaa > 1:269403/1‑299 (MQ=255) ccTATATCCGTCCGCTGATCTTCGTCGGTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTATGaa > 1:634181/1‑299 (MQ=255) cgtcgGTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTCTGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGttt > 1:735554/1‑298 (MQ=255) 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gAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTATGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCAtcatca > 1:612849/1‑300 (MQ=255) gAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTACTACTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCAACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTCTGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCAtcatca > 2:491399/1‑300 (MQ=255) gCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGGTGTGAACGGTTATATCTATGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCATCATCaaa > 2:598465/1‑300 (MQ=255) 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cgcTGGGTGTGAACGGTTATATCTCTGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCATCATCAAACTGGCGAAAGAGCTGGGAATTGAAGTACGTGAGCAGGTGCTGTCGCGCGAATCCCTGTACCTGGCGGATGAAGTGTTTATGTCCGGTACGGCGGCAGAAATCACGCCAGTGCGCAGCGTAGACGGTATTCAGGTTGGCGAAGGCCGTTGTGGCACGGTTACCAAACGCa > 1:70340/1‑300 (MQ=255) cgcTGGATGTGGACGGTTATATCTATGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTCTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCATTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCATCATCAAACTGGCGAAAGAGCTGGGAATTGAAGTATGTGAGCAGGTGCTGTCGCGCGAATCCCTGTACCTGGCGGATGAAGTGTTTATGTCCGGTACGGCGGCAGAAATCACGCCAGTGCGCAGAGTAGACGGTATTCAGGTTGGCGAAGGCCGTTGTGGCCCGATTACCAAACGCa > 1:68558/1‑300 (MQ=255) | AAACAATCTCACCAGCGCCTATATCCGTCCGCTGATCTTCGTCGGTGATGTTGGCATGGGAGTAAACCCGCCAGCGGGATACTCAACCGACGTGATTATCGCTGC‑TTTCCCGTGGGGAGCGTATCTGGGCGCAGAAGCGCTGGAGCAGGGGATCGATGCGATGGTTTCCTCCTGGAACCGCGCAGCACCAAACACCATCCCGACGGCGGCAAAAGCCGGTGGTAACTACCTCTCTTCCCTGCTGGTGGGTAGCGAAGCGCGCCGCCACGGTTATCAGGAAGGTATCGCGCTGGATGTGAACGGTTATATCTCTGAAGGCGCAGGCGAAAACCTGTTTGAAGTGAAAGATGGTGTGCTGTTCACCCCACCGTTCACCTCCTCCGCGCTGCCGGGTATTACCCGTGATGCCATCATCAAACTGGCGAAAGAGCTGGGAATTGAAGTACGTGAGCAGGTGCTGTCGCGCGAATCCCTGTACCTGGCGGATGAAGTGTTTATGTCCGGTACGGCGGCAGAAATCACGCCAGTGCGCAGCGTAGACGGTATTCAGGTTGGCGAAGGCCGTTGTGGCCCGGTTACCAAACGCA > NC_000913/3952750‑3953336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |