| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,899,297 | C→T | A33T (GCA→ACA) | yieK ← | putative glucosamine‑6‑phosphate deaminase YieK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,899,297 | 0 | C | T | 98.6% | 497.5 / NA | 139 | A33T (GCA→ACA) | yieK | putative glucosamine‑6‑phosphate deaminase YieK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (79/57); minor base G (0/2); total (79/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CATCTGCACCTAATCCCAGCACCACCAAATCCAGTCCGCCTTCACGCGCCAGTTTCTGATCATGCTCGCGGTAGTTATCAATAGTGAGCTTCTGGATATTCTCTTCTTTGATCCCCGCAGGGGTGAAAAACAGATTACGCAGATTGGTAATCGTTACGCCTTCTCCCTCTTTGCCGCGAAATGGAATTTCATCAAAATTATAGAAATAGCAGTTATCGTACCAGGGCTTACCTTTAACCAGGGTGGTGAGGTATTCATACATGCCTTTGGGCGTGCTACCGGCGGTAATTGCCAGGTTAACACGACGCGTCTTCGACATATAACCAAGCAGATGGTGTGCCGCGACACGGCTCATTTCCTGGTAATCTTCGGTAATGATTAATTTCATCTTAATGCCTTATTTTATTTAAATAATTTCTGTACAAAGGCTGCATAGGCTGGTCGCCAGACATCCATTTCATGGTTCAGACCCGGATATTCCTGGTAATCAAAGTTAATTTTTTTCTGCTCAAGCTCAGTTTTCAGCCCGGCGATATCCTTGCCGGTTACGACATCTTTATCCCCCACAACCACAGTAAAATTA > NC_000913/3899006‑3899588 | cATCTGCACCTAATCCCAGCACCACCAAATCCAGTCCGCCTTCACGCGCCAGTTTCTGATCATGCTCGCGGTAGTTATCAATAGTGAGCTTCTGGATATTCTCTTCTTTGATCCCCGCAGGGGTGAAAAACAGATTACGCAGATTGGTAATCGTTACGCCTTCTCCCTCTTTGCCGCGAAATGGAATTTCATCAAAATTATAGAAATAGNAGTTATCGTAC‑AGGGCTTACCTTTAACCAGGGTGGTGAGGTATTCATACATGCCTTTGGGCGTGCTACCGGCGGTAATTGTCAGGTTAac > 2:729684/1‑300 (MQ=255) 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CATCTGCACCTAATCCCAGCACCACCAAATCCAGTCCGCCTTCACGCGCCAGTTTCTGATCATGCTCGCGGTAGTTATCAATAGTGAGCTTCTGGATATTCTCTTCTTTGATCCCCGCAGGGGTGAAAAACAGATTACGCAGATTGGTAATCGTTACGCCTTCTCCCTCTTTGCCGCGAAATGGAATTTCATCAAAATTATAGAAATAGCAGTTATCGTACCAGGGCTTACCTTTAACCAGGGTGGTGAGGTATTCATACATGCCTTTGGGCGTGCTACCGGCGGTAATTGCCAGGTTAACACGACGCGTCTTCGACATATAACCAAGCAGATGGTGTGCCGCGACACGGCTCATTTCCTGGTAATCTTCGGTAATGATTAATTTCATCTTAATGCCTTATTTTATTTAAATAATTTCTGTACAAAGGCTGCATAGGCTGGTCGCCAGACATCCATTTCATGGTTCAGACCCGGATATTCCTGGTAATCAAAGTTAATTTTTTTCTGCTCAAGCTCAGTTTTCAGCCCGGCGATATCCTTGCCGGTTACGACATCTTTATCCCCCACAACCACAGTAAAATTA > NC_000913/3899006‑3899588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |