| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,264,460 | 2 bp→AT | coding (598‑599/1182 nt) | setB → | sugar exporter SetB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,264,460 | 0 | G | A | 94.7% | 49.1 / NA | 19 | E200M (GAG→ATG) | setB | sugar exporter SetB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (11/7); minor base C (1/0); total (12/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 2,264,461 | 0 | A | T | 100.0% | 53.3 / NA | 18 | E200M (GAG→ATG) | setB | sugar exporter SetB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (12/6); total (12/6) | |||||||||||
GCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCTCGAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATT > NC_000913/2264218‑2264591 || gCTCGAACGCTAACCCGCAACTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCCGCGGTAGCGTTTTTTGTTTGCGGTGTGATGGGGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCg > 1:102335/1‑251 (MQ=255) gACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTgn < 1:281431/251‑2 (MQ=255) cGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCAGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAAGTTCAGCACTTTTTTACGCGCTCCGGATTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTCTGCCTTCGCGATGGGTTTCTGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCg > 1:451352/1‑250 (MQ=255) cccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCAATGGCATGGGTCATTGGCACACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGAAATGTATCTGAGAGCAGCGGTAGCGTTTATTTTTTGCTGGGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCTTCGATGCGAAAAATACTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCACCGCGCCGt > 1:285604/1‑251 (MQ=255) gTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTGTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCTAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGttt < 1:175464/251‑1 (MQ=255) gTGATGTTCAGTTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATTCGAAAAATGCTGCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTg < 1:314607/251‑1 (MQ=255) tcnctTNTNNANNCGCNCAGGTTTCACTGGCATGGGTCNNTGGCCCACCNCTGGCTTTTGCCGTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCNGCGGTAGCGNNTANTGTTTNCNNNGNNNTGNTGTGGCTGTTTTTACCGTCNATNNGAAAAANGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCg < 2:102335/191‑1 (MQ=255) cgcgCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGAc > 1:198626/1‑170 (MQ=255) ggTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCg > 1:4507/1‑173 (MQ=255) gggTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACgct > 1:203065/1‑190 (MQ=255) cACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAACTGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCTCGAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCtatttatt > 1:243722/1‑251 (MQ=255) tGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGc > 1:10416/1‑120 (MQ=255) cTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTCGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACAGTCGCTGCGAAAAATGCTTCCGCTGGc > 1:389712/1‑117 (MQ=255) ncGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCTCGAACAGCCTGTAcatc > 1:266140/2‑210 (MQ=255) nggTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTgg > 1:55252/2‑170 (MQ=255) aNNTGAGCGNNGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCg < 2:4507/99‑1 (MQ=255) nnagnnnnnggCNGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATGGATGTGGGGCTCGAACAGCCTGTAcatc < 2:266140/137‑1 (MQ=255) nccGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTAc > 1:279936/2‑96 (MQ=255) aCCGTCGATGCGAAAAATGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTAc < 2:279936/96‑1 (MQ=255) || GCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCTCGAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATT > NC_000913/2264218‑2264591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |