| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 429,132 | C→T | L496L (CTG→TTG) | secD → | Sec translocon accessory complex subunit SecD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 429,132 | 0 | C | T | 100.0% | 41.9 / NA | 17 | L496L (CTG→TTG) | secD | Sec translocon accessory complex subunit SecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (5/12); total (5/12) | |||||||||||
AGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGC > NC_000913/428947‑429352 | aGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACAGTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGAGCATTTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCGGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCGTAATCGTCGGCATTATGGCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGGATGGCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGc < 1:256658/250‑1 (MQ=255) aCCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTATGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGCCCAGTGCTCTGCTTGCCAACTTGATCTTCATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGAGCAACGCTGAGTATGCCCGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACt > 1:298792/1‑251 (MQ=255) gCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATcgc < 1:254487/199‑1 (MQ=255) nccAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGaa > 1:276729/2‑237 (MQ=255) ggatggaGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCGTTGCCGGTCTGCTGGATTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGAGCTCTGATTGCCACCTTGATCTTAATCGTCGGGATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTaa > 1:360886/7‑250 (MQ=255) cttgccttgcCGGTCTGCTTGGTGCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTGTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTAtag < 1:405077/156‑3 (MQ=255) gccttgccGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCGTAAGCGTCGGCAGTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCg < 1:164982/162‑1 (MQ=255) gTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGgcgn < 1:51586/249‑2 (MQ=255) cttctATANGNNNTNNGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATNGTCGGCATTATGTCGNTGNTGCCNGGCNCAACGCTGAGTATGcc > 2:305679/1‑105 (MQ=255) cttctATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGcc < 1:305679/105‑1 (MQ=255) tctATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGTCGGTCGATGCGAACGTTCTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGGACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCATTTCTATCtt < 1:368005/250‑1 (MQ=255) gannNNNGGTNTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGaa < 2:276729/144‑1 (MQ=255) cTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCAAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACGGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATcaccac > 1:428342/1‑251 (MQ=255) gATTGCGACCAGGGCTCTGAGTGCCAACTTGATCTTAATCGGCGGCAGTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGGATCGCGGGTATCGTCCTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTTAGCAACGGACGTACTGGTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTc < 1:249021/225‑1 (MQ=255) gCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGt > 1:253176/1‑250 (MQ=255) ccAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCgttgtt > 1:4300/1‑37 (MQ=255) ccAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCgttgtt < 2:4300/37‑1 (MQ=255) aCTTGATCTTAATCGTCTGCTTTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAATGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTATCCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAGCGAGCGTATTAAAGAAGAGTTGAGCTACGGACGTACTGTTCTACAGGGAATTGATGAAGGTTAGCTTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGc < 1:216260/250‑1 (MQ=255) cTTAATCGTCGGCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCgg < 1:106272/89‑1 (MQ=255) gCATTATGTCGTTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTgg < 1:67636/169‑1 (MQ=255) | AGATTGTTGAAGAACGTACCATTGGCCCAACCCTGGGTATGCAGAACATTGAACAGGGGCTGGAGGCTTGCCTTGCCGGTCTGCTGGTTTCTATTCTGTTCATGATCATCTTCTATAAGAAGTTTGGTCTGATTGCGACCAGTGCTCTGATTGCCAACTTGATCTTAATCGTCGGCATTATGTCGCTGTTGCCAGGCGCAACGCTGAGTATGCCAGGTATCGCGGGTATCGTCTTAACCCTTGCGGTGGCGGTCGATGCGAACGTACTGATCAACGAACGTATTAAAGAAGAGTTGAGCAACGGACGTACTGTTCAACAGGCAATTGATGAAGGTTATCGTGGCGCATTCAGTTCTATCTTCGATGCGAACATCACCACGCTGATTAAAGTCATCATCCTGTACGC > NC_000913/428947‑429352 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |