| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 306,474 | C→T | G115D (GGC→GAC) | ecpD ← | fimbrial adhesin EcpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 306,474 | 0 | C | T | 96.4% | 67.1 / ‑3.4 | 28 | G115D (GGC→GAC) | ecpD | fimbrial adhesin EcpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (15/12); total (15/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
GCCGCTGCTGGCGTCATAGTTCACAGAGGTCTGGCAGGCATTGATGGTCATTGTAAAGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCATATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCATCCACTTCGCGCCGCCGCTGGTCACCGTCGCGCCATAAAATCCACTGGCGTCGGTGGTTTGCGGCAGGATAAGACTGGTGGTCATATTACACCCAGCGTACCAGTTGATGCAGCGCAAGCCAGTTAAAGGAGATGAAACTGGTGAATTTTCCAGCCACATATCAAACTTCCAGTTGGTATAAAGGCCGGTGTTGTAACCGTTATCAATGTAGCCGAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGG > NC_000913/306236‑306718 | gccgcTGCTGGCGTCATAGTTCACAGAGGTCTGGCAGGCATTGATGGTCATTGTAAAGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCATATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCATCCACTTCGCGCCGCCGCTGGTCACCGTCGCGCCATAAAATCCACTGGCGTCGGTGGTTTGCGGCAGGATAAGACTGGTGGTCATATTACACCCAGCGTACCAGTTGATGCAGCGCAAGTCAGTTAAAgg > 1:32839/1‑249 (MQ=255) 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GCCGCTGCTGGCGTCATAGTTCACAGAGGTCTGGCAGGCATTGATGGTCATTGTAAAGCTGCTGCCGACGGGCATTTGTTGCATATACTGGTAAAACGCGTCTGACAACATGCCGTGCATCCACTTCGCGCCGCCGCTGGTCACCGTCGCGCCATAAAATCCACTGGCGTCGGTGGTTTGCGGCAGGATAAGACTGGTGGTCATATTACACCCAGCGTACCAGTTGATGCAGCGCAAGCCAGTTAAAGGAGATGAAACTGGTGAATTTTCCAGCCACATATCAAACTTCCAGTTGGTATAAAGGCCGGTGTTGTAACCGTTATCAATGTAGCCGAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGG > NC_000913/306236‑306718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |