| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,285 | 0 | T | C | 54.4% | 11.1 / 50.1 | 47 | I104V (ATT→GTT) | ybcV | DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/9); new base C (6/19); total (19/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATC > NC_000913/579062‑579471 | ggAACTTATCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGATGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCa > 1:362897/1‑249 (MQ=255) gCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTGGCAGTAAATAGTAATGAATTATCGAATGTATAGTAATATCTTTGATGTGCATTGATATTTGTAGCCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTg < 1:328578/249‑1 (MQ=255) aaaCGATGCACACAGGGTTTAACGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCATGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCGGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTACGTTCATGGAGATTGGCAACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAAtgtg < 1:434888/241‑1 (MQ=25) acacaGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATTAATTATCAAAGGGATAGTAATATCTTTTATGTTCATTGATATTTGTAACCCATCGTAAAACTCCGGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAAcc < 1:66993/251‑1 (MQ=255) naGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGaaa > 1:109513/2‑187 (MQ=255) ttAGCGCGTACACGTATTGCATGATGCCAACTCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGATCACAGTAAATAGTAATTAATGATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCATGGATATTAGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCGTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCGATCATAg < 1:315674/250‑1 (MQ=25) aGCGCGTACTCGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCATGGATATTTGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGAc < 1:402202/251‑1 (MQ=255) aGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCATGGATATTTGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGAc < 1:141167/251‑1 (MQ=255) 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cGGACGCTATGATATAGCGTGGCAAGNTTTGTGNNGANTTCTGAATGCTCTCAGTAANTANNNANNNANTATCCNAGNNATAGTAATANCTTTTATGTTCATGGATATTTGTCACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGAAAGNTTTTCCCTGNNTTGCTGAAATGTGATTTCTCTNGATNNCNNCNTATNAtn > 2:102563/1‑192 (MQ=18) ggACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATGTACAACCTTTTTAAGTc < 1:339799/251‑1 (MQ=255) ggACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATGTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTc < 1:339804/251‑1 (MQ=255) gACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCATGGATATTTGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGAGTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAgg < 1:68288/193‑1 (MQ=255) 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(MQ=37) gtTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATACATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATGTCAACCTAGCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTAc < 1:177881/201‑1 (MQ=255) nnaTGCTCNNAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCa < 2:9627/96‑1 (MQ=255) gAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCATGGATATTTGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGAtgt < 1:377904/249‑1 (MQ=255) aTGCTCTCAGTAAATAGTCATGAATTATCAAAGGTATCGTAATATCTTTTCTGTTCATGGATATTTCCACACCATCGGAAATCTCCTGCTTTCGCAAGATTTTCGCTGTCTTGCTGTAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATCAGATGc > 1:411547/1‑168 (MQ=255) 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tGGATNNTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGa < 2:32812/95‑1 (MQ=255) tGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGa > 1:32812/1‑95 (MQ=255) tGTAACCCATCGGAAAACTCCTGCTGTAGCAAGATTTTCTCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCt < 1:70479/78‑1 (MQ=255) | GGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATC > NC_000913/579062‑579471 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |