| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 579,134 | 0 | T | C | 66.7% | 33.4 / 22.2 | 33 | intergenic (‑241/+50) | borD/ybcV | prophage lipoprotein BorD/DUF1398 domain‑containing protein YbcV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/4); new base C (8/14); total (15/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGAC > NC_000913/578891‑579367 | cATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGc > 1:9627/1‑251 (MQ=255) aTGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATAGTGTTAATATTTAATAATGTATGTCAGGTGCGATTAATCGTCATTGGATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCTTACACGTATTGCATTATGCCa < 1:442774/251‑1 (MQ=255) gCTTTTTGAAGTACGCAGAATCGTAGGTTTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAAATTCATATTGTGAATATTTATTAAGGTATGTCAGGGGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATTTCCACAGCCCTTTGGGGGAACTTCTCTTCGGGAGTGTCCTGTAAAAATTAAAA‑CGATGCAAGCAGGGTTAAGCGCGTGCGCGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTg < 1:395353/248‑1 (MQ=255) gCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATTTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCgg > 1:405546/1‑250 (MQ=255) 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1:78212/1‑155 (MQ=255) cGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTtg > 1:355217/1‑182 (MQ=255) aTTGTATTCCAGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTATGCGGGAGTGTCAGGGAATAATTCAAACCGATGCAAAAAGGGGTTAGCGAGCACATGTATCGTATTATGCCAACACACCGGTGCTGACACGGCAGAAACCGGACGTTATGAtt > 1:406221/1‑162 (MQ=255) gTATTCCCGGATGAACTATTACCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGAGGGAGGGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTAGTATGCCAACACCCCGTTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTATCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGGAATGAATTATCAACGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTgta < 1:19596/250‑3 (MQ=255) tATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGct < 1:165207/192‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCAGTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCttt < 1:385864/206‑1 (MQ=38) ggAACTTATCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGATGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCa > 1:362897/1‑249 (MQ=255) gCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAA‑CGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTGGCAGTAAATAGTAATGAATTATCGAATGTATAGTAATATCTTTGATGTGCATTGATATTTGTAGCCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTg < 1:328578/249‑1 (MQ=255) ttaaaaCGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAAc > 2:28311/3‑77 (MQ=255) ttaaaaCGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACACGTATTGCATTATGCCAACGCCCCGGTGCTGACACGGAAGAAAc < 1:28311/75‑1 (MQ=255) 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1:141167/251‑1 (MQ=255) | CATGGTGTTATTCCCGATGCTTTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAAAACGATGCACACAGGGTTTAGCGCGTACATGTATTGTATTATGCCAACACCCCGGTGCTGACACGGAAGAAACCGGACGTTATGATTTAGCGTGGAAAGATTTGTGTAGTGTTCTGAATGCTCTCAGTAAATAGTAATGAATTATCAAAGGTATAGTAATATCTTTTATGTTCGTGGATATTTGTAATCCATCGGAAAACTCCTGCTTTAGCAAGATTTTCCCTGTATTGCTGAAATGTGATTTCTCTTGATTTCAACCTATCATAGGAC > NC_000913/578891‑579367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |