| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/53); new base A (43/0); total (95/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGCT > NC_000913/1015192‑1015787 | gCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTcc > 2:678095/1‑298 (MQ=255) 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ttGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTTATGCGGTTTTTTTGTCGCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAAATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAgg < 2:426061/300‑1 (MQ=255) ttGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGATGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAgg < 2:484128/300‑1 (MQ=255) atatAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCCACGTGGTTATCAGGCCGGCa > 1:344512/1‑300 (MQ=255) atatAACCGTCTACGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGTGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTTACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGTAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AAATGTGATTGCACATTTAGTCATCACTGTTTTCTTTTCCAACAGAAACCCGTATGAGGGAAACGAGGCATGGAGAGACAAAAAAGAGGTCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCa > 2:789590/1‑300 (MQ=255) ccGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAAAGAGATCGACTGGAACGGGCACATCAAAGGGGTTATCAGGACGGCATCGACGGGCGCt > 2:804178/1‑300 (MQ=255) | GCCCGGCTGGGTGGTTGCCTCCCAGCCTCTGGGAAGCGCCCAGGACACGCTCAATGTTACCGTAACGGAGTTTAACGGTCGCTATGATGGCAAGGTCATTGTCAGTGGTGAGTGGCTGTTGAACCACCAGGGACAACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGTTATGATTCGCGGTATTGCTT‑AACTGTGATTGCACATTTAGTAATCACTGTTTTCTTTTCCACCAGAAACCAGTATGAGGGAAACGAGGCATGAAGAGACAAAAACGAGATCGCCTGGAACGGGCACATCAACGTGGTTATCAGGCCGGCATCGCCGGACGCT > NC_000913/1015192‑1015787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |