| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,951,386 | 2 bp→TC | coding (555‑556/567 nt) | yecD → | isochorismatase family protein YecD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,951,386 | 0 | C | T | 89.5% | 84.2 / ‑0.4 | 40 | L185L (CTC→CTT) | yecD | isochorismatase family protein YecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (12/22); total (13/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,951,387 | 0 | A | C | 89.5% | 100.1 / 3.3 | 38 | N186H (AAC→CAC) | yecD | isochorismatase family protein YecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base C (12/22); total (13/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951167‑1951525 || cgatgtgcggttACGCCGCCGAGGTATCGATACAAGTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATTATGTACATCGGTCTGCCGc < 1:133693/240‑1 (MQ=255) cggttACGCCGCCGAGTTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATAGCGGTGGTGAATCCTCCGCCCGCAATGCCTGGGAACTGGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAAGAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCTTAGCGGGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCg < 1:65340/248‑1 (MQ=255) gttACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGc > 1:82473/2‑250 (MQ=255) cgccgactaGGTATCGATACAATTGTGGTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCCCCGCCCGCAATGCCAGGGATCGTGGCTTTAAGCTGGTGATGGCCGAAGACGCCATTAGTGCCTCCCGTGCCGAGCAACACAATAACAGCATGAATCATAACGAGCCGCGCATCGACCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATc < 1:176469/219‑1 (MQ=255) gAGGTATCGATACAAGTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGGGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACAGCGTTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATggn < 1:18911/251‑2 (MQ=255) 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naacacaATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAagcg > 1:19354/4‑147 (MQ=255) atcATATCTCCCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCAA‑GCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCa > 1:40797/3‑119 (MQ=255) atcATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCNTAGCGTGGANNAGNTCCT‑TNANNNGNNNTGNTTTACATCGGTCTGCCGCANTGNNCGCAT‑CNTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCa < 2:40797/117‑1 (MQ=255) cgcATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGAAT‑CATAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAg > 1:128772/1‑106 (MQ=255) cgcATCGCCCGNGTGCGTAGCGNGGANNAGATNCN‑TNACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCNATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCNNTTNNNTANNACCAg < 2:128772/106‑1 (MQ=255) gtgCGTAGCGGGGAAGAGGTCCT‑TCACGCGTTATGATTTGCATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATc < 1:160080/89‑1 (MQ=255) || GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951167‑1951525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |