| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,951,412 | A→G | L6L (CTA→CTG) | yecE → | DUF72 domain‑containing protein YecE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,951,412 | 0 | A | G | 93.9% | 94.9 / ‑3.1 | 35 | L6L (CTA→CTG) | yecE | DUF72 domain‑containing protein YecE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (11/20); total (11/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951167‑1951525 | cgatgtgcggttACGCCGCCGAGGTATCGATACAAGTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATTATGTACATCGGTCTGCCGc < 1:133693/240‑1 (MQ=255) cggttACGCCGCCGAGTTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATAGCGGTGGTGAATCCTCCGCCCGCAATGCCTGGGAACTGGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAAGAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCTTAGCGGGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCg < 1:65340/248‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcccgcAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGGGCGTAGCGTGGAATAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCAcc < 1:125776/209‑1 (MQ=255) gcAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTg < 1:55780/190‑1 (MQ=255) cAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGAGTgacgcgggcatt > 1:48018/1‑240 (MQ=255) ccTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGCAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTgacgcgggcattttaa > 1:151208/1‑235 (MQ=255) cTTGGATTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTgacgcgggcattttaaaaatcact > 1:4047/1‑227 (MQ=255) ttAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAAGCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTg < 1:142672/191‑1 (MQ=255) tggtggATTGCCAAAGACGCCGGTAGGCCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAAAAACAGTAGCAACCATACCCCCCCGCGCATCGCCGGTGTGCGTAGCGGGGAAGATACCCT‑CACCGCGTTATGTTTTACACCGTTCTCCCGCAAGGGTC‑CATTCCTAAAGGGGTGGGTTTGGGGACCACCAGCCTTGAAGAGTATCCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAAcc < 1:4390/245‑1 (MQ=255) ccTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAag < 1:139612/170‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑TCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGAAT‑CATAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAg > 1:128772/1‑106 (MQ=255) cgcATCGCCCGNGTGCGTAGCGNGGANNAGATNCN‑TNACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCNATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCNNTTNNNTANNACCAg < 2:128772/106‑1 (MQ=255) gtgCGTAGCGGGGAAGAGGTCCT‑TCACGCGTTATGATTTGCATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATc < 1:160080/89‑1 (MQ=255) | GGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCT‑CAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951167‑1951525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |