| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,951,335 | C→T | I168I (ATC→ATT) | yecD → | isochorismatase family protein YecD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,951,335 | 0 | C | T | 90.0% | 94.7 / 0.6 | 41 | I168I (ATC→ATT) | yecD | isochorismatase family protein YecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/4); new base T (12/24); total (12/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951098‑1951525 | aTTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTTGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTAcc < 1:162152/251‑1 (MQ=255) cgatgtgcggttACGCCGCCGAGGTATCGATACAAGTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATTATGTACATCGGTCTGCCGc < 1:133693/240‑1 (MQ=255) cggttACGCCGCCGAGTTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATAGCGGTGGTGAATCCTCCGCCCGCAATGCCTGGGAACTGGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAAGAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCTTAGCGGGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCg < 1:65340/248‑1 (MQ=255) gttACGCCGCCGAGGTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGc > 1:82473/2‑250 (MQ=255) cgccgactaGGTATCGATACAATTGTGGTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCCCCGCCCGCAATGCCAGGGATCGTGGCTTTAAGCTGGTGATGGCCGAAGACGCCATTAGTGCCTCCCGTGCCGAGCAACACAATAACAGCATGAATCATAACGAGCCGCGCATCGACCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATc < 1:176469/219‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCGGTAGGGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCAGTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCg < 1:157520/103‑1 (MQ=255) gCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTc < 1:134465/143‑1 (MQ=255) ttAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAAGCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTg < 1:142672/191‑1 (MQ=255) tggtggATTGCCAAAGACGCCGGTAGGCCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAAAAACAGTAGCAACCATACCCCCCCGCGCATCGCCGGTGTGCGTAGCGGGGAAGATACCCTCACCGCGTTATGTTTTACACCGTTCTCCCGCAAGGGTC‑CATTCCTAAAGGGGTGGGTTTGGGGACCACCAGCCTTGAAGAGTATCCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAAcc < 1:4390/245‑1 (MQ=255) gTGATTGCCGAATACTCCTGTAGTGCCCCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCACTAGTCATATCTACCCCCGCAGCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCttca < 1:66025/110‑4 (MQ=255) 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1:19354/4‑147 (MQ=255) | ATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951098‑1951525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |