| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,951,320 | G→A | Q163Q (CAG→CAA) | yecD → | isochorismatase family protein YecD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,951,320 | 0 | G | A | 90.2% | 97.3 / 2.0 | 42 | Q163Q (CAG→CAA) | yecD | isochorismatase family protein YecD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base A (12/25); total (12/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
CGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951071‑1951525 | ngAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCACTGGAGCGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCAGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGagcagc > 1:18763/2‑251 (MQ=255) aTTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTTGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTAcc < 1:162152/251‑1 (MQ=255) cgatgtgcggttACGCCGCCGAGGTATCGATACAAGTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATTATGTACATCGGTCTGCCGc < 1:133693/240‑1 (MQ=255) cggttACGCCGCCGAGTTATCGATACAATTGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATAGCGGTGGTGAATCCTCCGCCCGCAATGCCTGGGAACTGGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAAGAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCTTAGCGGGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCg < 1:65340/248‑1 (MQ=255) 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1:89652/109‑1 (MQ=255) cTTGGATTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTgacgcgggcattttaaaaatcact > 1:4047/1‑227 (MQ=255) ttGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCGGTAGGGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCAGTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCg < 1:157520/103‑1 (MQ=255) gCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTc < 1:134465/143‑1 (MQ=255) ttAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAAGCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGTATCACCAGCCTTg < 1:142672/191‑1 (MQ=255) 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gccAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTNNTGAttt > 2:9408/1‑96 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAACACAATAACAGCATTAATCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTTCACGCGTTATGATTTACATCGGTCTGCCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATggg > 1:167136/1‑130 (MQ=255) | CGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCATATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTCAACGCGTTATGATTTACATCGGTCTACCGCAATGGTCGCAT‑CCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACC > NC_000913/1951071‑1951525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |