| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 70062 = | 102 (1.080) | 82 (0.940) +GCTAGCAGGAGGAATTCACCAT |
50/540 | 0.4 | 50.0% | intergenic (‑14/‑325) | araB/araC | ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| ? | NC_000913 | = 367520 | 75 (0.790) | intergenic (‑10/+67) | lacI/mhpR | DNA‑binding transcriptional repressor LacI/DNA‑binding transcriptional activator MhpR | |||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GGCGTCGAGCCGGTACTGTCAACGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAGTGTGACGCCGTGCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT > NC_000913/69774‑70359 | ggCGTCGAGCCGGTACTGTCAACGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCaaaaaaa > 2:697416/1‑297 (MQ=255) aGCCGGTACTGTCAACGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCAATCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCCCGCACAGAATCACTGCAAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTAACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGga > 2:384211/1‑300 (MQ=255) aatttgcgacggcgcgtgcagtgccagactgtaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcataaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTagag > 2:545647‑M1/270‑300 (MQ=255) aaCGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGTGGATACCACTCTANGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTNCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTagaga < 2:601250/300‑1 (MQ=255) ttgcgacggcgcgtgcagggccagactggaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggnatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGt > 2:616697‑M1/267‑300 (MQ=255) cGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGTTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGt > 1:698064/1‑300 (MQ=255) gCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGTAGAAACAGTAGAGAGt < 1:283466/299‑1 (MQ=255) gCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGt < 1:282706/299‑1 (MQ=255) gACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa > 1:357518/1‑300 (MQ=255) gtgcagggccagactggaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaaa < 1:642620‑M1/45‑1 (MQ=255) 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gactggaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctactgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaaa < 2:772898‑M1/45‑1 (MQ=255) ggaggtggcaacgccaatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccactcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGAt > 2:313169‑M1/240‑298 (MQ=255) aCGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATNGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTaa > 1:154374/1‑300 (MQ=255) 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aatcagcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGAt < 1:222793‑M1/76‑1 (MQ=255) gcaacgactgtttgcccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATaaaaa > 1:653174‑M1/220‑300 (MQ=255) gTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTAt > 1:194773/1‑300 (MQ=255) tgtttacccgccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataatagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATgg > 2:222793‑M1/212‑300 (MQ=255) gtttgcccaccagttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGc > 2:165868‑M1/211‑300 (MQ=255) aGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGTGGATACCACTCTACGCTGTTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACAGGTATGTAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAACGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCAt < 2:357459/299‑1 (MQ=255) 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agttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAg > 1:681087‑M1/200‑298 (MQ=255) gttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaccatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCTGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAgtgt < 2:91989‑M1/102‑1 (MQ=255) gttgttgtgccacgcggttgggaatgtaattcagctccgccatcgccgcttccactttttcccgcgttttcgcagaaacgtggctggcctggttcaccacgcgggaaacggtctgataagagacaccggcatactctgcgacatcgtataacgttactggtttcacattcaccaacatggtgaattcctcctgctagcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTAAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCCTAGCACAgtgt < 2:92238‑M1/102‑1 (MQ=255) 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gcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAGTGTGACGCCGTGCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAANAGCCAGTAAAAGACGc > 1:671627‑M1/3‑259 (MQ=255) gcCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAGTGTGACGCCGTGCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGc < 2:671627‑M1/257‑1 (MQ=255) atccaAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAGTGTGACGCCGTGCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttct > 1:472502/1‑300 (MQ=255) | GGCGTCGAGCCGGTACTGTCAACGCCAATCCCGACCACAGCTGCGCGCTGTTCGACGCTAAGCTCTGCAAGCACGGTTTTCAGTGCCGCTTCCATTGACTCAATGTAGTCACGCGGATGATGACGGAACTGGTTATTCGGGGCATCACAAAATTGCCCTTTCTGCCAACGGGGATACCACTCTACGCTGGTGGCGATCTCTTCACCGGTAGCGCAGTCCACCGCCAAAGCTCGCACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCCGCTAATCTTATGGATAAAAATGCTATGGCATAGCAAAGTGTGACGCCGTGCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCT > NC_000913/69774‑70359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |