| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,175 | 0 | A | G | 48.0% | 39.0 / inf | 271 | R263R (CGA→CGG) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/76); new base G (73/57); total (138/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
GCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGC > NC_000913/70882‑71471 | ccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGc > 2:1045856/1‑300 (MQ=255) aCCGATGGATAATCGGGGACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGTCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGcc < 2:606679/299‑1 (MQ=255) tGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCcgagcg < 2:1067515/300‑1 (MQ=255) ggATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGTCCAGCCcgagcga > 1:602239/1‑300 (MQ=255) ggATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAACCcgagc > 2:283900/1‑298 (MQ=255) ggATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGACAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCACCTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAACATGCACCGGGGCCAGc > 2:464658/1‑292 (MQ=255) aTAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGTGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGt > 2:84834/1‑300 (MQ=255) aaTCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGttc < 2:189150/300‑2 (MQ=255) aGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGCGGACCAACGTATCAGACAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGACACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTAGCGGGTATTTAAACAATGCACCGGGGACAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTtgt > 2:473769/1‑299 (MQ=255) aGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTtgt > 1:84748/1‑299 (MQ=255) tGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGACAGCACGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTgaagaa > 2:443676/1‑300 (MQ=255) cATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGaa > 2:958595/1‑300 (MQ=255) aCCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGCAGAAAAAGTGAATGATGTAGcc > 1:370381/1‑299 (MQ=255) aCCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCg < 1:84933/300‑1 (MQ=255) ccTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGt > 2:767892/1‑300 (MQ=255) tttGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCTGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATACACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAtt < 2:224389/299‑1 (MQ=255) tggatATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTTTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAaacc < 2:82347‑M1/298‑5 (MQ=255) cGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAaacctactctt > 2:567661‑M1/1‑289 (MQ=255) cGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGTATCAGCCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACCACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGGGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTCCGTGCAGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAaacctactctt > 2:1055981‑M1/1‑289 (MQ=255) 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GCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTGAGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTTGACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCCTTTCTGGAGTCGCTGGCGCTGGTCGGTTTGATTCTACCCGGTACGGTGC > NC_000913/70882‑71471 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |