| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,260 | A→T | intergenic (+179/‑348) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,260 | 0 | A | T | 99.4% | 518.1 / NA | 154 | intergenic (+179/‑348) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (66/87); minor base C (0/1); total (66/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GATCGCTGAGTCAGTAGGCTATGCCAGTGAATCATCTTTTCACAAGGCGTTTGTCCGCGAGTTTGGTTGTACCCCGGGAGAATATCGGGAAAGGGTCAGACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTACTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC > NC_000913/320967‑321550 | gATCGCTGAGTCAGTAGTCTATGCCAGTGAATCATCTTTTCACAAGTCGTTTGTCCGCGAGTTTGGTTGTACCCCGGGAGAATATCGTGAAAGGGTCATACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAAGCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTACTTCTATTTCCAACTGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTTCTTGAt < 2:225556/300‑1 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GATCGCTGAGTCAGTAGGCTATGCCAGTGAATCATCTTTTCACAAGGCGTTTGTCCGCGAGTTTGGTTGTACCCCGGGAGAATATCGGGAAAGGGTCAGACAGCTTGCACCCTGAATAAAACCGCCAGAAATCAGGGCAAAGATAATCCGCATTCCGGGAGTTGTGAGCCTTTCAACTATTTCTATTTCCAACGGTGGTTTGGGCTTTATATATTTTTTCTGATGGACTCTAGCTCAGTTTTTAAATAAAAATGCAAACTAAATTGCTTCAATTAAATAAAATCCCGACTATTACTTGATACGTGATTATTGTCGGTGATTTTTTTGTACACCATCAGTGTATATCTCAATAACCCCTGAATAAGTAGCTCTGAATAGGTATAAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATC > NC_000913/320967‑321550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |