| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653393 | 79 (0.850) | 11 (0.120) | 10/580 | 5.8 | 10.2% | noncoding (63/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653720 = | 116 (1.260) | intergenic (‑265/‑135) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGG‑TGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGC > NC_000913/2653423‑2654015 | tgtgTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAAACGCAAAAATCAGGCGGGTTTTTGTTGCTGGTcc > 2:527185/1‑298 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGCATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGt > 1:297304/1‑300 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAACATTAAAAATTATACCCGGTAAAAGATATTACTTAAACATTTAAATTCACTTTCCTTTAAAACAACAAAAA‑CAGCCACAATCAGGCGGTTTTTCGTTGCTGGTCC‑GGt > 2:476085/1‑300 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAC‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTcc > 1:223149/1‑297 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAGCATCAGGCGGCTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGt > 2:256981/1‑300 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAAACGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGt > 1:224217/1‑300 (MQ=255) gtgtTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAAACGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGt > 2:713019/1‑300 (MQ=255) tACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTcgc > 1:85531/1‑300 (MQ=255) tACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTcgc > 2:685589/1‑300 (MQ=255) tACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCAAAAATCAGGCGGTGTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTcgc > 1:302408/1‑300 (MQ=255) 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gCAGGTGCCCCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCGTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTCTATTTAGCATATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTGATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATGCATCCTGCTCAAAATTAGAAATTCTAACCGGGAAGAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTACTGGTCC‑GGTTCGCGT‑CCTTTCcagc < 2:120778/300‑1 (MQ=255) gTGCTTCACAGCAAAAAAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGt < 1:436928/300‑1 (MQ=255) tGCTTCACAGCAAAACAAGACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATGCTAACCGGTAAAAGATACTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGt < 2:157106/299‑1 (MQ=255) 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tttttGTTGCTGGTCT‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGG‑TGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGa < 1:685252/300‑1 (MQ=255) gCTGGTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGG‑TGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACgg < 1:353995/300‑1 (MQ=255) ggTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGAAAAGGATGTTCCGTGGCAGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGG‑TGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTgt > 2:339636/1‑299 (MQ=255) | TGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCC‑GGTTCGCGG‑CCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGG‑TGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGC > NC_000913/2653423‑2654015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |