| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287160 | 59 (0.640) | 10 (0.110) | 9/568 | 6.0 | 13.2% | noncoding (77/171 nt) coding (17/90 nt) |
rttR tpr |
small RNA RttR protamine‑like protein |
| ? | NC_000913 | 1287458 = | 74 (0.820) | intergenic (‑130/+80) | tyrV/tyrT | tRNA‑Tyr/tRNA‑Tyr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTAAAGTGTTACGTTGAGAAAAATGAACTG > NC_000913/1287170‑1287725 | ttCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAGTGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTtc > 1:43155/1‑300 (MQ=255)ttCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTtc > 1:43225/1‑300 (MQ=255)ttCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCCTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTtc > 1:323975/1‑300 (MQ=255) tCCTTCCCCGCATGGGCAGAATAGTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCACTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTTAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCAccc < 2:68661/300‑1 (MQ=255) 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gggCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATACTTGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCATCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGCATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGt > 1:624466/1‑300 (MQ=255) atatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACt < 1:530187/300‑1 (MQ=255) atatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTGTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGANGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACt < 1:540466/300‑1 (MQ=255) 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cctcACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCt > 1:575957/1‑299 (MQ=255) aCCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGcgccgcgggaa < 1:278217/299‑6 (MQ=255) cccTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTaaa > 1:654767/1‑299 (MQ=255) cTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGGTGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCAAATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAGTGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAGGCGGGGCGCATCATATAAAATGACGCGCCGCTGTaa > 2:376537/1‑296 (MQ=255) ttCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGGCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTAAAg < 2:492473/297‑1 (MQ=255) cTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTAAAGTGTTACGTTGAGaaaa > 1:617015/1‑300 (MQ=255) 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2:94530/1‑200 (MQ=255) aatcgaaCCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGcc < 1:94506/200‑1 (MQ=255) aatcgaaCCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGcc < 1:94530/200‑1 (MQ=255) aatcgaaCCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGcc < 1:96172/200‑1 (MQ=255) aatcgaaCCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGcc > 2:94506/1‑200 (MQ=255) aatcgaaCCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGcc > 2:96172/1‑200 (MQ=255) | TTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATT‑TTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCCTGTGGCA‑‑ACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAA‑GTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCTGTAAAGTGTTACGTTGAGAAAAATGAACTG > NC_000913/1287170‑1287725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |