| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2877791 | 69 (0.740) | 4 (0.050) | 4/550 | 8.1 | 6.2% | intergenic (+173/+778) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 |
| ? | NC_000913 | 2878097 = | 56 (0.640) | intergenic (+479/+472) | iap/cas2 | alkaline phosphatase isozyme conversion protein/CRISPR‑associated endoribonuclease Cas2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGTAAGACTGGATAATCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCT > NC_000913/2877497‑2878081 | aCGTAAGACTGGATAATCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAActctagttt > 1:600849/1‑295 (MQ=255)aCGTAAGACTGGATAATCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAActct > 1:216356/1‑295 (MQ=255)aCGTAAGACTGGATAATCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTAACGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCATCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACtctc > 2:376964/1‑296 (MQ=255) aaGACTGGATAACCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGTAGTTGTCGAAGGCGTCTGGAGGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCATAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCatg < 2:204468/300‑3 (MQ=255) gatggtCACCAATATATGGATACGGCTCTTCC‑CGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTTTGTTGAAGGATTTGGCGAATGCGGCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GTGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTTGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCa < 2:417949/295‑1 (MQ=255) gagaaccACCAACATATTGATAAGGCTCTTCCGTTGA‑GAATAGAACGTCGCTGCCTTTACTTTATACTGATAATGCTACCTCTGTTGAAGGAGTTGGCGAAGGCTTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCATAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCTAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCa < 2:410496/294‑1 (MQ=255) aTAATCACCAACATATTGATGATGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACATCGCTGCCTTTACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGGGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAGCACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGGTGCCGGTGTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGGTCAGGCGTTGCa < 2:413286/299‑1 (MQ=255) 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tctTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGACGTCTTGATTGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTTTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCTTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATccc < 2:397538/300‑1 (MQ=255) tctTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGGTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTGGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCATAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTGGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATccc < 2:318927/300‑1 (MQ=255) ttCC‑TGTAAGAATAGAACGCCGCTGCCGCGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTTAAGGAGTTTGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCATAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GTGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTTGTTGCCGGTTGATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTAc < 2:178454/283‑1 (MQ=255) 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gATATCCATCATCGCATCCGGTGCGCCCGGTTGATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTTAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTTGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCNAACCTGGCTACCGTGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGTGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAActc < 2:250202/300‑1 (MQ=255) atcGCATCCAGTGCGCCCGTTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 2:638483/300‑1 (MQ=255) atcGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCATCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 1:671585/300‑1 (MQ=255) atcGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 1:671480/300‑1 (MQ=255) atcGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGGGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGctt < 1:671578/300‑1 (MQ=255) aGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGcag < 1:524138/300‑1 (MQ=255) 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ccGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATgcgc < 1:474273/230‑1 (MQ=255) aTGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATccc < 1:119823/300‑1 (MQ=255) aTGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTACCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCTGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATccc < 1:190994/300‑1 (MQ=255) ggCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACtctctaaaag < 2:487725/61‑7 (MQ=255) gtcgtTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATctct > 1:692964/1‑300 (MQ=255) ggTTTATCCCTGCTGTCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTg < 2:512479/300‑1 (MQ=255) ggggAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCt > 1:579880/1‑300 (MQ=255) | ACGTAAGACTGGATAATCACCAACATATTGATAAGGCTCTTCC‑TGGAAGAATAGAACGTCGCTGCCGTGACGTTATGCGGATAATGCTACCTCTGGTGAAGGAGTTGGCGAAGGCGTCTTGATGGGTTTGAAAATGGGAGCTGGGAGTTCTACCGCAGAGGCGGGGGAACTCCAAGTGATATCCATCATCGCATCCAGTGCGCCCGGTTTATCCCCGCTGATGC‑GGGGAACACCAGCGTCAGGCGTGAAATCTCACCGTCGTTGCCGGTTTATCCCTGCTGGCGCGGGGAACTCTCGGTTCAGGCGTTGCAAACCTGGCTACCGGGCGGTTTATCCCCGCTAACGCGGGGAACTCGTAGTCCATCATTCCACCTATGTC‑TGAACTCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCCCGGGGGATAATGTTTACGGTCATGCGCCCCCCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCTGGGCGGCTTGCCTTGCAGCCAGCTCCAGCAGCGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTCAAGCTGGCTGGCAATCTCTTTCGGGGTGAGTCCGGTTTATCCCCGCT > NC_000913/2877497‑2878081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |