| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 15 [0] | [1] 15 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 14 (1.120) | 9/310 | 0.2 | 100% | intergenic (+253/‑69) | ychE/insH21 | MarC family putative inner membrane protein YchE/IS5 family transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 family transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
CGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCGAGTAAGAACCGCATTTGGTACTTTCCGGGCA > NC_000913/1300510‑1300915 | gcgcagttatcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcatactcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:279675‑M2/189‑248 (MQ=255)gcgcagttatcaaaagcaaaagaaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaaggtctaaAGAATAATCAATTTTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:163561‑M2/63‑1 (MQ=255) atcaaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaacttacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccctcatgttattttcgccccatcataatcatgggcttgatgaagaataattgaaatgatattattatttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCtt > 1:292500‑M2/181‑250 (MQ=255) caaaagcaaaaggaataggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 1:226497‑M2/73‑1 (MQ=255) caaaagcaaaaggaataagtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctctccatcatgttattttcgccacatcataatcctgtgcttgctaaagaataattgaaatgatattattaagtccactgcctttggtagagtaaagtgctaaATAATAATCAAGTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGc < 1:215549‑M2/73‑1 (MQ=255) ggtaaaaatattcttctcaaattacagttagttataaggatttccttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacaccataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCCTTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTAAGCCAATCTCTATttgattg > 1:286642‑M2/162‑251 (MQ=255) ncttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGAtt > 1:76880‑M2/119‑251 (MQ=255) nttaactgcttctcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAACGATGTTTGTTAAGGCATGGCTGCAAGCTATAGATTc > 1:186008‑M2/118‑251 (MQ=255) tntcctcaccatcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc < 2:187209‑M2/28‑1 (MQ=255) gggcttgctgaagaataattgaaagtatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAAGTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCCGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTg < 1:138045‑M2/184‑1 (MQ=255) naagaataattgaaatgatattattacttccactgcctttggtcgaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCACTCTCTATTTGATGGAATTGCATGCTGTTTGTTAAGGCATGGCTGCAAGCTATAGATTCTGATACGTTCAATAAAAACGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCgagaa > 1:176517‑M2/59‑247 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGATAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCGAGTAAGAAc < 1:16653‑M2/196‑1 (MQ=255) aattccactgtctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTGGATTGAATGAAAAGATGTTTGGTAAGGCATGGAGGCAAGCTATAGATGCTGATACGGTCAATAAAAGATAATTGCTGAACAATTGTGCAAAATGTATTGGCGAGTAAGAACCGCATTTGGTACTTTCCGGGCa < 1:193627‑M2/218‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTtgn < 1:74943‑M2/173‑2 (MQ=255) aataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTGGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCAGGGATGCAAGCTATAGATGCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGc < 1:258644/187‑1 (MQ=255) | CGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTATAGATTCTGATACGGTCAATAAAAGAGAATTGCTTAACAATTTTGCAAAATGTATTGGCGAGTAAGAACCGCATTTGGTACTTTCCGGGCA > NC_000913/1300510‑1300915 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |