| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 89,263 | A→G | intergenic (+231/‑371) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,263 | 0 | A | G | 99.1% | 393.8 / NA | 108 | intergenic (+231/‑371) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (62/45); total (62/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACA > NC_000913/88972‑89558 | aCCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTc > 1:213257/1‑300 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ACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACA > NC_000913/88972‑89558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |