| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 92,810 | T→C | T466T (ACT→ACC) | ftsI → | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 92,810 | 0 | T | C | 97.5% | 285.3 / ‑5.6 | 81 | T466T (ACT→ACC) | ftsI | peptidoglycan DD‑transpeptidase FtsI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (35/44); minor base A (2/0); total (37/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTAGCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCATTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACTGTGGTGCATATGATGGAAAGCGTGGCGCTACCAGGCGGCGGCGGCGTGAAGGCGGCGATTAAAGGCTATCGTATCGCCATTAAAACCGGTACCGCGAAAAAGGTCGGGCCGGACGGTCGCTACATCAATAAATATATTGCTTATACCGCAGGCGTTGCGCCTGCGAGTCAGCCGCGCTTCGCGCTGGTTGTTGTTATCAACGATCCGCAGGCGGGTAAATACTACGGCGGCGCCGTTTCCGCGCCGGTCTTTGGTGCCATCATGGGCGGCGTATTGCGTAC > NC_000913/92516‑93091 | gTTATCGATGCCGTCCTCAGCGTTAGTAGATACTTACTCACGTTTTGGACTGGGAAAAGCGACCAATTTGGGGTTGGTCGGAGAACGCAGTGGCTTATATCCTCAAAAACAACGGTGGTCTGACATAGAGAGGGCCACCTTCTCTTTCGGCTACGGGCTAATGGTAACACCGTTACAGTTAGCGCGAGTCTACGCAACTATCGGCAGCTACGGCATTTATCGCCCACTGTCGATTACCAAAGTTGACCCCCCGGTTCCCGGTGAACGTGTCTTCCCGGAATCCATTGTCCGCACCgtgg < 2:450820/299‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |