| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,230 | A→G | L511P (CTG→CCG) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,230 | 0 | A | G | 93.9% | 223.8 / NA | 66 | L511P (CTG→CCG) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (32/30); minor base T (0/4); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGC > NC_000913/4584936‑4585518 | tGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGcc < 2:623653/300‑1 (MQ=255) gagaATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGtt < 2:586451/299‑1 (MQ=255) agaATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTc > 2:398689/1‑299 (MQ=255) aCGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCNGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCGGCGCCTGTTCGCCAAgaga > 2:465622/1‑300 (MQ=255) 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TGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTGAAGGTGTCGCCGTTAATACGCGTATCTTCAAACGCGCCCAGCGCCTGTTCGCCAAGAGAACGGCGGTCGACAAGGAAGAGAATGCGTTTAAAACGCTGGGACTGGATCAGGCGGAACATCATGGCGATTGCCGTACGGGTTTTACCGGTACCGGTCGCCATCGCCAGCAGGATCTCTTGTTGCCCCTTGACGATTGCCTTTTCAACCGCGCGGACGGCATCTTCCTGATAATAACGCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGC > NC_000913/4584936‑4585518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |