| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,092,703 | A→G | F41L (TTC→CTC) | frvA ← | putative PTS enzyme IIA component FrvA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,092,703 | 0 | A | G | 98.9% | 317.1 / NA | 88 | F41L (TTC→CTC) | frvA | putative PTS enzyme IIA component FrvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (45/42); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTGGTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGTGTGAGTCGGTGATAAAACCGTTTTGTAACGCTATTGTCGCCAACTGCTTCAGAACGGAATAAGCGCCATTGCCCTGAATATTCAGGTCAATACAGCTTGCAGTAAGAGCTGCCATTAATCGGACTCCATAAAATATATTTTAATCAATTGTAATGGTGGAGCGATTAAGTGATGAGAGGCGATATGTCGGTAAACAATGACAATTTGAGACAGAGTGAAAGGTCAGATTTGCGGAGTAATGCACATAATGGTTATTTAAATAAACCACATGAATCATTAATGGGTTATTC > NC_000913/4092411‑4092998 | accttgtcggtcccacccTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGgtgt < 2:273937/285‑1 (MQ=255) ggTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCAGTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGt < 1:532353/300‑1 (MQ=255) ggTCGGTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATAAATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTGGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGCGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCCATTAGAGTGCA‑TTTTTTCGCGCAGCAGCAGGGTTTGCAGGAGCTGGTGTGAGt < 1:240326/300‑1 (MQ=255) gTATCGCCCTGTTGCAGTTGATGAATACATTCCTTGTGAATAATTTTGCGACACAGTGTGCCGATGATTTTGACCTGATCCTCTTCGCCGCTTTGCGGCACGCCGAGGCAGATCCAGCAATTGACGTCTTCGCCATCGCTGGCTTTCCAGTCAATAGCCTGCGCTTTGCGGGTGAATAATACGAACGGTTGTTTAACGCAGGCGCTTTTACCGTGCGGCACGGCGACACCGGAACCAAATCAAGTAGAGTGCC‑TTTTTTCGCGCAACAGCAGGGTTTGCAGGAACTGGtgtgcgtgagt > 2:349412/1‑292 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |